Question

作为序言，我很擅长使用R.

我正在处理包Rsamtools，我正在尝试对bam文件进行排序。我正在使用sortBam（）命令，它需要以下信息：

sortBam(file, destination, ...).

我有一个包含5个bamfiles的R对象：

bamfiles <- list.files(fileDir, pattern = "\\.bam", full.names = TRUE)

其中fileDir =包含文件路径的对象。

我不知道该怎么做是设置目标文件，因此5个未排序的bam文件中的每一个都有自己的输出文件。例如。 file1.bam - ＆gt; file1.sorted.bam ... file5.bam - ＆gt; file5.sorted.bam。我一直在寻找并且没有找到（或意识到）答案，所以任何帮助都将不胜感激。

感谢您的帮助

Answer 1

假设您在三个不同的目录中有3个bam文件。

var a = document.createElement('a');
a.setAttribute("href",URL);
a.setAttribute("target", "_blank");
var dispatch = document.createEvent("HTMLEvents");
dispatch.initEvent("click", true, true);
a.dispatchEvent(dispatch);
return false;

由于bams <- list.files(".", patter="*.bam", full=T, recur=T) bams # [1] "./d1/100.bam" "./d2/11.bam" "./d3/28.bam"只能对一个bam文件进行一次排序，因此您可以使用sortBam遍历三个bam文件。

首先，设置正确的目的地。

for

排序部分：

des <- gsub("bam", "sorted", bams)
des
# [1] "./d1/100.sorted" "./d2/11.sorted"  "./d3/28.sorted"

磁盘上的结果文件。

for (i in 1:length(bams)) {
  sortBam(bams[i], des[i])
}

为多个输入文件设置多个目标文件 - sortBam

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