用newick字符串格式将距离矩阵转换为系统发育树

时间:2016-05-27 19:57:02

标签: python bioinformatics biopython distance-matrix

我通过读取FASTA文件创建了一个距离矩阵,现在我被要求编写一个函数,该函数将以newick字符串格式生成一个系统发育树。该函数将一个参数作为距离矩阵。你可以帮我开始一些代码吗?

格式示例:

打印(UPGMA(爱德华兹))

(E:17.00,((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(d:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50): 2.50)

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

BioPython的Seq类型没有iter_kmer方法。也许你正在寻找skbio的同等课程? http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html

相关问题