运行程序取决于java无法正常工作

时间:2016-06-13 10:21:52

标签: java linux ubuntu bioinformatics

我有几个在Java上运行的程序突然停止工作。 我运行命令在命令行启动它们,没有任何反应。我跑的时候:$java -version也没有任何事情发生。

如果我运行:whereis java输出为:

java: /usr/bin/java /etc/java /usr/bin/X11/java /usr/share/java /usr/share/man/man1/java.1.gz

如果我跑wheris {the program depending on java},我会得到类似的输出。例如,对于fastqc软件:

$whereis fastqc
fastqc: /usr/bin/fastqc /usr/bin/X11/fastqc /usr/share/fastqc /usr/share/man/man1/fastqc.1.gz

我不知道该怎么做。此外,我检查了java是否正确安装:

apt-get install default-jre

输出结果为:

Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
default-jre is already the newest version.
The following packages were automatically installed and are no longer required:
  ifeffit libbit-vector-perl libcarp-clan-perl libchemistry-elements-perl
  libchemistry-formula-perl libconfig-inifiles-perl libdate-calc-perl
  libdate-calc-xs-perl libdate-manip-perl libifeffit-perl libio-stringy-perl
  libmath-combinatorics-perl libmath-derivative-perl libmath-round-perl
  libmath-spline-perl libntdb1 libole-storage-lite-perl
  libparse-recdescent-perl libreadonly-perl libreadonly-xs-perl
  libregexp-common-perl libspreadsheet-writeexcel-perl
  libstatistics-descriptive-perl libterm-readkey-perl libtext-english-perl
  libtext-glob-perl libtie-ixhash-perl libtime-stopwatch-perl
  libtk-filedialog-perl libtk-gbarr-perl libtk-histentry-perl libtk-pod-perl
  libtk-splashscreen-perl libwwwbrowser-perl libxray-absorption-perl
  libxray-scattering-perl linux-image-3.19.0-25-generic
  linux-image-extra-3.19.0-25-generic perlindex pgplot5 python-ntdb
Use 'apt-get autoremove' to remove them.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 5 not upgraded.

我也做了更新,删除和重新安装;但没有任何改变。

如果您有任何建议请...我显然不是一位先进的信息学家......所以我不知道该怎么做。 谢谢!

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

你试过重启吗?通常在调试时作为第一遍很好。

您是否不小心重写了$PATH?即java仍然安装,但不再在您的默认路径中。因此,运行java --version也会失败。

您也可以尝试sudo apt-get install openjdk-7-jdk安装java的开发工具包。这也包含jre所以可以解决问题。但我的第一个问题就是你的$PATH被打破了。

答案 1 :(得分:0)

看起来问题是我安装的两个版本的java。我试图运行的程序需要旧版本的java,当我安装较新版本时,它已被设置为默认使用它。我终于解决了这个问题,将jave的默认版本改为使用:

update-alternatives --config java

替代java有两种选择(提供/ usr / bin / java)。

选择路径优先级状态

  • 0 / usr / lib / jvm / java-8-oracle / jre / bin / java 1074 auto mode 1 / usr / lib / jvm / java-7-openjdk-amd64 / jre / bin / java 1071手动模式 2 / usr / lib / jvm / java-8-oracle / jre / bin / java 1074手动模式

按Enter键保留当前选项[*]或类型选择号:1

那就是它! :)

相关问题