如何分割和合并错误分割区域

Question

我已经对聚类细胞的图片进行了分水岭分割。似乎有许多细胞簇没有被充分分割或根本没有被分割。还有一些已被过度注释的单细胞。我可以使用哪些方法来合并已经过分割的单细胞并进一步分割下层的细胞簇？

编辑：通过确定细胞区域是否在正常大小的细胞的某个平均范围内来完成确定细胞是否已经过度或不足的标准。我不确定这是不是一个好主意。任何帮助将不胜感激，谢谢。

Answer 1

你必须为你决定什么是理想或预期的细胞;显然它是一些没有曲率反转的圆形（即它绕着没有方向反转）=简单的形状。为此，您可以使用圆形等形状特征：您需要确定您接受的圆形范围。

对于分水岭，我认为进行过度分割可能会更好 - 然后可以根据组合形状是否符合标准（如上所述）合并附近的形状。可以使用其他形状特征（细长等）。

如果你选择下面的分区，你别无选择（根据你正在使用的方法），而是重复其余形状的分割。

Answer 2

你不能指望做出零错误并将一切都完美分割。也许你有更小或更大的细胞。也许你的图像质量非常差。

如果你知道细胞的面积在一定范围内，只需调整分水岭参数（阈值），直到平均估计面积与你先前的知识一致。

如果你真的有大片段（大面积，大于平均面积的两倍左右），让分水岭在本地再次以更高的阈值运行。

如果您有本地非常小的片段，请让分水岭在本地再次以较小的阈值运行。

除了使用其他具有半自动分割功能的ilastik算法之外，我不会做更多的事情。