命令中的SLURM作业数组输出文件

时间:2016-07-08 20:29:59

标签: hpc slurm

我有一个像这样的命令列表

bedtools intersect -a BED1 -b BED2 >BED1_BED2_overlaps.txt
...

超过100个文件。

以下是我提交作业的标题

#SBATCH -t 0-08:00
#SBATCH --job-name=JACCARD_DNase
#SBATCH -o /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_out
#SBATCH -e /oasis/scratch/XXX/XXX/temp_project/logs/JACCARD_DNase_%a_err
#SBATCH --array=1-406%50

当我提交作业时,我收到此错误

Error: Unable to open file >BED1_BED2_overlaps.txt Exiting.

我试图像这样管道一个echo命令

bedtools intersect -a BED1 -b  BED2 | echo "BED1 BED2" 

我得到了

Error: Unable to open file |. Exiting.

那是什么给出的?如何使用Bash语法(如>输出和|管道)提交数组作业?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

看起来你错过了shebang;您的提交脚本应以

开头
#! /bin/bash

或您喜欢的任何其他外壳。