Question

我在每个文件中有超过100个文件，其中至少有5-8列（以制表符分隔）。我需要从每个文件中提取前三列，并在第四列添加一些预定义文本并附加它们。

我们说我有3个文件：file001.txt，file002.txt，file003.txt。

file001.txt：

chr1 1 2 15
chr2 3 4 17

file002.txt：

chr1 1 2 15
chr2 3 4 17

file003.txt：

chr1 1 2 15
chr2 3 4 17

combined_file.txt：

chr1 1 2 f1
chr2 3 4 f1
chr1 1 2 f2
chr2 3 4 f2
chr1 1 2 f3
chr2 3 4 f3

为简单起见，我保持文件内容相同。我的脚本如下：

#!/bin/bash
for i in {1..3}; do
j=$(printf '%03d' $i)
awk 'BEGIN { OFS="\t"}; {print $1,$2,$3}' file${j}.txt | awk -v k="$j" 'BEGIN {print $0"\t$k”}' | cat >> combined_file.txt
done

但脚本出现以下错误：

awk：非终止字符串$ k“} ...在源代码行1 上下文是

＆LT;＆LT;＆LT;       awk：放弃        源行号2       awk：非终止字符串$ k“} ...在源代码行1        背景是        ＆LT;＆LT;＆LT;       awk：放弃        源行号2

有人可以帮我解决一下吗？

Answer 1

您不需要两个不同的awk脚本。并且您不能使用$来引用awk中的变量，这些变量用于引用输入字段（即$k表示访问其编号为的字段变量k）。

for i in {1..3}; do
    j=$(printf '%03d' $i)
    awk -v k="$j" -v OFS='\t' '{print $1, $2, $3, k}' file$j.txt
done > combined_file.txt

Answer 2

正如评论中指出的，你的问题是你试图使用奇数字符，好像它们是双引号。一旦你解决了这个问题，你就不需要循环或任何其他复杂性，你需要的是：

$ awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {$NF="f"ARGIND} 1' file*
chr1    1       2       f1
chr2    3       4       f1
chr1    1       2       f2
chr2    3       4       f2
chr1    1       2       f3
chr2    3       4       f3

上面使用的GNU awk用于ARGIND。

处理多个文件并将它们附加到linux / unix中

2 个答案: