Question

我有两种类型的制表符分隔输入文件，第一种是在第一列中垂直列出名称的矩阵，以及后续列中的数值。第二种类型的输入包含单个列，其中第一个文件类型的第一列中列出了相同名称的子集。

EX：input1

Gary 1 2 3
Yolanda 3 4 5
Biff 5 6 7
Hubert 8 9 10

EX：input2

Gary
Biff

虽然input2有几种不同的变体，但只有一个输入1。我有一个带有嵌入式awk命令的perl脚本，该命令应该匹配input2和input1中的名称，并打印一个输出文件，其中包含input2中的名称和input1中的相应值。

EX：outputfile

Gary 1 2 3
Biff 5 6 7

这是我的代码：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $dir1 = '../FeatureSelection/Chunks/ArffPreprocessing';
my $dir2 = '../DataFiles';

opendir(DIR, $dir1) or die $!;
while (my $file = readdir(DIR)) {

    # We only want files
    next unless (-f "$dir1/$file");

    # Use a regular expression to find files with .txt
    next unless ($file =~ m/\.txt/);

    my @partialName = (split /\./, $file);

    #The $matchingFile is the file which contains attributes listed vertically, along side their respective data

    my $matchingFile = "$dir2/input1\.txt ";

    system("awk -F\"\t\" 'FILENAME==\"$dir1/$file\"{a[\$1]=\$1} FILENAME==\"$matchingFile\"{if(a[\$1]){print \$0}}' $dir1/$file $matchingFile > $dir1/$partialName[0]'\_matched.out' ");

}

closedir(DIR);
exit 0;

这行可以在命令行上运行，但它拒绝在我的perl脚本中工作。

awk -F"\t" 'FILENAME=="input2.txt"{a[$1]=$1} FILENAME=="../../../DataFiles/input1.txt"{if(a[$1]){print $0}}' input2.txt ../../../DataFiles/input1.txt > input2_matched.out

顺便说一句，input2文件的绝对数量使命令propt上面的awk行的硬编码真的很痛苦，这就是为什么我使用了一个perl脚本可以在每个input2文件上执行我想要的功能在目录中，AND保留输出文件的命名约定。我写了类似的程序，所以我知道

的语法

system("awk ...blah blah... ");

可以并且确实可以正常工作。

我已经坚持这个问题好几天了，所以任何帮助都会非常感激！

Answer 1

虽然input2有几种不同的变体，但只有一个输入1。我有一个带有嵌入式awk命令的perl脚本应该匹配从input2到input1的名称并打印一个输出文件，其中包含input2和各自的名称 input1的值。

我建议<!doctype html> <html lang="en" dir="ltr"> <head> <script charset="utf-8" src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.2/jquery.min.js"></script> </head> <body> <div class="menu_tab row"> <div class="active" rel="#tab1">Tab 1</div> <div rel="#tab2">Tab 2</div> <div rel="#tab3">Tab 3</div> <div rel="#tab4">Tab 4</div> </div> <br/> <div id="tab1" class="tab_content">... Tab 1 ...</div> <div id="tab2" class="tab_content">... Tab 2 ....</div> <div id="tab3" class="tab_content">... Tab 3 ...</div> <div id="tab4" class="tab_content">... Tab 4 ...</div> </body> <script type="text/javascript"> $(document).ready(function () { $(".tab_content").hide(); $(".tab_content:first").show(); }); $(document).on('click', ".menu_tab div", function() { $(".menu_tab div").removeClass("active"); $(this).addClass("active"); $(".tab_content").hide(); var activeTab = $(this).attr("rel"); $(activeTab).show(); }); </script> </html> + find来实现您的目标

a comparison function

<强>参考

带有find的matcher(){ awk 'NR==FNR{input1record[$1]=$0;next} $1 in input1record{print input1record[$1]}' /path/to/input1 "$@" >> /path/to/result } export -f matcher find /path/to/input2_files -type f -name "input2" \ -exec bash -c 'matcher "$@"' _ {} +构建命令行并执行subshell命令，在这种情况下我们的函数，一劳永逸。请参阅[ find ]联机帮助页。
请注意我已使用{} +将后续运行的输出附加到输出文件。如果不希望这样，请使用>>。
应调整>模式以匹配所有-name文件名

在perl脚本中编写awk命令

1 个答案: