Question

我想问一下如何获取存储在列表中的某些字符串的确切字母？我正在使用DNA字符串，使用BioPython SeqIO从FASTA文件中获取它们并将它们作为字符串存储在列表中。在下一步中，我将其转换为数字序列（称为基因组信号）。但作为Python的新手我不知道如何正确地从列表中获取它。我应该使用不同的数据类型吗？

在Maltab，我用过：

a=1+1i;c=-1-1i;g=-1+1i;t=1-1i; %base values definition
for i=1:number of sequences
    length_of_sequence(i)=length(sequence{1,i});
    temp=zeros(1,length_of_sequence(i),'double');
    temp(sequence{i}=='A')=angle(a);
    temp(sequence{i}=='C')=angle(c);
    temp(sequence{i}=='G')=angle(g);
    temp(sequence{i}=='T')=angle(t);    
    KontigNumS{i,1}=cumsum(temp); %cumulated phase of whole vector
end

是什么创建了一个向量并用相应的值替换零。我无法找到类似的问题。谢谢你的回复。

我的python代码：

#Dependencies
from Bio import SeqIO #fasta loading
import cmath #complex numbers
import numpy as np 

#Open FASTA file new variable
lengths=list()
sequences=list()
handle=open("F:\GC_Assembler_Python\xx.fasta","r")
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
    print(record.id)
    print(len(record.seq))
    lengths.append(len(record.seq))
    sequences.append(str(record.seq))

#Convert to genomic signals
a=complex(1,1)
c=complex(-1,-1)
g=complex(-1,1)
t=complex(1,-1)
I stopped here.

Answer 1

我不知道MATLAB是如何做到的。在Python中，您可以访问字符串中的任何位置而无需转换为列表：

DNA = "ACGTACGTACGT"
print(DNA[2])
# outputs "G", the third base

如果要将“字符串存储在列表中”，可以执行以下操作：

DNA_list = ["AAAAAA", "CCCCC", "GGGGG", "TTTTT"]
print(DNA_list[0][0])
# outputs "A", the first "A" of the first sequence
print(DNA_list[1][0])
# outputs "C", the first "C" of the second sequence

Answer 2

如果您使用以下内容，则可以将任何字符串转换为列表list(The string)

Python：在列表中索引字符串的字母

2 个答案: