PAM使用的功能数量？

Question

我试图使用PAM作为分类器，但我找不到找到使用多少基因的方法。这是代码：

install.packages("plsgenomics")
library("plsgenomics")
library("pamr")
data(Colon)
data<-t(Colon$X)
rownames(data)<-Colon$gene.names
grp<-Colon$Y
grp = as.factor(grp)
tr.data = list(x = data, y = grp)
tr.train = pamr.train(tr.data)
new.scales <- pamr.adaptthresh(tr.train)
tr.train2 <- pamr.train(tr.data, threshold.scale=new.scales,prior = c(0.5,0.5))


  tr.train2
  Call:
  pamr.train(data = tr.data, threshold.scale = new.scales, prior = c(0.5, 
0.5))
  threshold nonzero errors
1  0.000     2000    18    
2  0.189     1490    13    
3  0.379     1128    11    
..........................

28 5.112        1    9     
29 5.301        1    9     
30 5.490        0    40    

 > new.scales
        1        2 
 1.000000 2.867972