geom_crossbar会忽略alpha参数吗？

Question

我正在尝试将摘要统计信息添加到我的情节中，但希望它们具有一定的透明度。这似乎不适用于geom_crossbar。以示例代码from the documentation：

为例

df <- data.frame(
trt = factor(c(1, 1, 2, 2)),
resp = c(1, 5, 3, 4),
group = factor(c(1, 2, 1, 2)),
upper = c(1.1, 5.3, 3.3, 4.2),
lower = c(0.8, 4.6, 2.4, 3.6)
)

p <- ggplot(df, aes(trt, resp, colour = group))
p + geom_errorbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2, alpha=0.3)

工作正常，即错误栏是透明的。但是，如果我使用

p + geom_crossbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2, alpha=0.3)

相反，透明度不起作用。我错过了什么吗？

编辑：mt1022的答案适用于示例代码。但是，当我尝试将其添加到我的实际绘图中时，透明度不再起作用，并且它会更改绘图中的所有其他颜色。

Here是数据，这是我的命令：

ggplot(plotdata3, aes(x=Ncases, y=Intercept.ols, group=col, colour=col)) + geom_point() + stat_summary(fun.y="mean", geom="line", alpha=0.3, aes(group=1)) +
stat_summary(fun.data="mean_cl_boot", geom="crossbar", width=0.08, aes(group=1)) + scale_color_manual(values=rgb(matrix(rep(0,27), ncol=3),alpha = 0.5)) +
scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.1)) + coord_cartesian(ylim=c(0,1))

当我省略scale_color_manual（）部分时，情节看起来like this，现在我想让交叉条变得透明，就像直线一样。

Answer 1

我不确定你要去的地方，但似乎有一些问题。首先，您使用颜色来区分9种不同的类别（＆＃34; col＆＃34;）。即使使用ggplot的默认调色板（色轮周围的色调相等），颜色也几乎无法区分。通过选择点大小以及将点放在摘要图形（线和横杆）下面的事实会使问题变得更糟。

你可能会更好

1. 把积分放在最上面，
2. 使用点形状21（实心圆圈）并将填充绑定到＆＃34; col＆＃34;和
3. 使用Brewer调色板

下面是两个例子，由@ lukeA＆＃39解决方案生成的图（实际上回答了问题），以及实现上述建议的图。

ggplot(plotdata3, aes(x=Ncases, y=Intercept.ols, group=col, colour=col)) + 
  geom_point() + 
  stat_summary(fun.y="mean", geom="line", alpha=0.3, aes(group=1)) + 
  stat_summary(fun.data="mean_cl_boot", geom="crossbar", 
               width=0.08, aes(group=1), color = "#30303030") + 
  scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.1)) + 
  coord_cartesian(ylim=c(0,1))



ggplot(plotdata3, aes(x=Ncases, y=Intercept.ols)) + 
  stat_summary(aes(group=1), fun.y="mean", geom="line", alpha=0.3) +
  stat_summary(fun.data="mean_cl_boot", geom="crossbar", 
               width=0.08, fill="grey80", color="grey50") + 
  geom_point(aes(group=col, fill=col), size=3, shape=21)  +
  scale_fill_brewer(palette="Set1") +
  scale_y_continuous(breaks=seq(0,1,by=0.1)) + coord_cartesian(ylim=c(0,1))



第二个情节清楚地表明＆＃34; col＆＃34; 6和9往往明显低于平均值，＆＃34; col＆＃34; 1和7往往明显高于平均值。

Answer 2

alpha中的geom_crossbar参数控制填充颜色的透明度; 如果指定填充颜色并调整alpha，填充颜色的透明度将会改变，但边框颜色不会改变;

p + geom_crossbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2, alpha=0.2, fill = 'red')
p + geom_crossbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2, alpha=0.8, fill = 'red')

如果您想为边框颜色提供透明度，可以使用透明色的scale_colour_manual：

p + geom_crossbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2) +
    scale_color_manual(values = rgb(c(1, 0), c(0, 1), 0, alpha = 0.2))

可能还有其他更简单的解决方案。

Answer 3

colour="transparent"将胜任，position=position_dodge(0.1) 将避免重叠。

p + geom_crossbar(aes(ymin = lower, ymax = upper), width = 0.2, colour="transparent", position=position_dodge(0.1))