这是使用mclapply的正确方法吗?

时间:2016-10-31 01:20:32

标签: r apply tapply mapply

我第一次尝试使用 mclapply 功能,我有两个具体的问题,一个是验证我是否正确使用mclapply,第二个是我得到的错误。我写了一个Rscript来使用我的数据文件上的lapply函数执行列式操作。由于我的文件有很多列,我希望使用mclapply函数并行处理列。以下是我的代码片段。非常感谢帮助和意见,使这个计划更好。

inputFile=args[1]
start=as.numeric(args[3])
end=as.numeric(args[2])


 ttestoutput.function=function(x,add_argument){
   ......
  }



df<-fread(inputFile,header=T,data.table=FALSE,sep=",")
print("Input file loaded")
col.ind=df[,c(start:end)]
cores_present=detectCores()
additional=c(df$Status,df$Age,df$Sex)
final.output = t(mclapply(col.ind, 2, ttestoutput.function,additional,     
mc.cores=cores_present))

**The errors that I see:**

 Warning message:
 In mclapply(col.ind, 2, ttestoutput.function, additional, mc.cores =    
 cores_present  :
 all scheduled cores encountered errors in user code


 "1",Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
  object 'FUN' of mode 'function' was not found

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