Question

此代码应以更大的顺序打印所有编码序列，称为sequentie。然而，它无限地打印出第一个找到的序列。

def getCodons(sequentie):
    DNA = sequentie
    while 'atg' in DNA:
        start = DNA.find('atg')
        codon = getSequentie(DNA, start)
        DNA = DNA[DNA.index(codon):]


def getSequentie(DNA, start):
    print ('')
    print ("Sequentie:")
    while start+2 < len(DNA):
            codon = DNA[start:start+3]
            if codon == "tag" or codon == "taa" or codon == "tga":
                print (codon, end=' ')
                return codon
                break
            print (codon, end=' ')
            start+=3

所以输出：

Sequentie：   atg aag ttt ttg gta gtt aag ata aag ctc gag act gat att tca tat act gga tga tga

Sequentie：   atg aag ttt ttg gta gtt aag ata aag ctc gag act gat att tca tat act gga tga tga

Sequentie：   atg aag ttt ttg gta gtt aag ata aag ctc gag act gat att tca tat act gga tga tga

Sequentie：   atg aag ttt ttg gta gtt aag ata aag ctc gag act gat att tca tat act gga tga tga   ......

为sequentie ccagaatggttactatggacatccgccaaccatacaagctatggtgaaatgctttatctatctcatttttagtttcaaagcttttgttataacacatgcaaatccatatccgtaaccaatatccaatcgcttgacatagtctgatgaagtttttggtagttaagataaagctcgagactgatatttcatatactggatgatttagggaaacttgcattctattcatgaacgaatgagtcaatacgagacacaaccaagcatgcaaggagctgtgagttgatgttctatgctatttaagtatttttcgggagatatatatatcttattgttctcctcctcccgagtcaagttgttctaagaaagaaggatctatttcattttgtggattgtctagtttcagggacagacggggtttaggggaagcgctatccgtggctgctatgacatcgaagaaactctgcacgacatggtatgtaatct

我想得到 Sequentie： atg aag ttt ttg gta gtt aag ata aag ctc gag act gat att tca tat act gga tga tga

然后找到下一个序列

Answer 1

主要问题是你在外循环中不断找到相同的“atg”实例。这是因为 getSequentie 返回一个始终以“atg”开头的字符串。因此，在循环的下一次迭代中， start 将为0（ DNA 字符串以“atg”开头）。从那一刻起，DNA.index(codon)将始终产生零，因此在下一次迭代中没有任何变化，从而导致无限循环。

您可以在此处添加1来解决此问题：

DNA = DNA[DNA.index(codon)+1:]

这样 DNA 总会变得更短，因此循环将是有限的。

您还应该定义在找不到结束密码子时您想要发生的事情。在这种情况下，第二个函数将返回None，第一个函数应该处理它（它应该退出）。在这种情况下，甚至可能不会打印序列。

最好延迟打印，直到获得最终结果。第二个函数可以返回序列结束的索引（如果未找到结束密码子，则返回None）。然后，您可以使用序列填充结果变量，并将打印保留给调用者。

以下是应用这些和其他一些更改后的代码：

def getCodons(sequentie):
    DNA = sequentie
    start = 0
    codons = []
    while 'atg' in DNA:
        start = DNA.find('atg', start)
        end = getSequentie(DNA, start)
        if not end:
            break
        codons.append(' '.join([DNA[i:i+3] for i in range(start, end, 3)]))
        start = end
    return codons


def getSequentie(DNA, start):
    for start in range(start, len(DNA)-2, 3):
        if DNA[start:start+3] in ("tag", "taa", "tga"):
            return start+3

sequences = getCodons('ccagaatggttactatggacatccgccaaccatacaagctatggtgaaatgctttatctatctcatttttagtttcaaagcttttgttataacacatgcaaatccatatccgtaaccaatatccaatcgcttgacatagtctgatgaagtttttggtagttaagataaagctcgagactgatatttcatatactggatgatttagggaaacttgcattctattcatgaacgaatgagtcaatacgagacacaaccaagcatgcaaggagctgtgagttgatgttctatgctatttaagtatttttcgggagatatatatatcttattgttctcctcctcccgagtcaagttgttctaagaaagaaggatctatttcattttgtggattgtctagtttcagggacagacggggtttaggggaagcgctatccgtggctgctatgacatcgaagaaactctgcacgacatggtatgtaatct')

print('\n'.join(sequences))

在repl.it上看到它。

代码无法正确循环

1 个答案: