Question

我正在使用网格引擎来运行R脚本。 STDERR在这个设置下被认真对待，所以我想保持它干净，只有真正/严重/致命错误打印到STDERR。

问题是我的R脚本生成了各种STDERR消息，这些消息并不是真正严重的警告...例如，scan似乎向STDERR打印了它读取的项目数。

我可以将（从R中）STDERR重定向到STDOUT吗？

Answer 1

查看sink()的帮助页面：

'sink'将R输出转移到连接。如果'file'是一个字符     string，将为其建立具有该名称的文件连接     转移的持续时间。

正常R输出（连接'stdout'）被转移     默认'type =“输出”'。仅提示和（大多数）消息     继续出现在控制台上。发送给'stderr（）'的消息     （包括来自'消息'，'警告'和'停止'的那些）可以     被'sink（type =“message”）'转移（见下文）。

Answer 2

@Dirk已经提供了答案，但我想补充一点，你可以使用stdout()来获得与STDOUT的连接。您可以在任何输出函数中使用它来指示输出。

Answer 3

隔离错误的一种方法是使用 try catch，在主块中，所有内容都发送到 stdout，然后代码抛出的任何错误都被捕获并发送到 stderr。

这只会处理代码中抛出的错误，而不是记录错误消息，但可能是您的解决方案。

result = tryCatch({
    sink(stdout(), type = "message") # sink all messages, warnings, errors to stdout
    
    message('Starting! This message will go to stdout')
    warning('Warning! This message will go to stdout')
    error('Error! This message will ALSO go to stdout')
    
    #Call your code here, e.g.
    #...
    stop('An error is thrown', call.=FALSE)
    #...

}, error = function(e) {
    sink(NULL, type="message") # close the sink

    #Now sink closed, you can re-raise the error, and it will be directed to sterr:
    stop(paste0('Error: ', e), call.=FALSE)
})

如何将R警告消息重定向到STDOUT？

3 个答案: