Question

我正在尝试使用R中实现的Gage包来分析我的RNA-seq数据。我按照教程获得了data.kegg.p文件，并使用以下脚本生成顶级基因集的热图

for (gs in rownames(data.kegg.p$greater)[1]) {
  outname = gsub(" |:|/", "_", substr(gs, 10, 100))
  geneData(genes = kegg.gs[[gs]], exprs = essData, ref = 1,
  samp = 2, outname = outname, txt = T, heatmap = T,
  Colv = F, Rowv = F, dendrogram = "none", limit = 3, scatterplot = T)
  }

我确实得到了一个名为“NOD-like_receptor_signaling_pathway.geneData.heatmap.pdf”的pdf文件，但是当我用acrobat reader或photoshop打开这个文件时，它会提供错误信息，说明该文件已被破坏且无法恢复。任何人都可以帮助检查这个文件（https://www.dropbox.com/s/wrsml6n1pbrztnm/NOD-like_receptor_signaling_pathway.geneData.heatmap.pdf?dl=0），看看它是否真的被破坏了，是否有可能找到恢复它的方法？

我还附加了R工作区文件（https://www.dropbox.com/s/6n5m9x5hyk38ff1/A549.RData?dl=0）。对象“a4”是准备用于量具分析的格式的数据。它包含参考样品（nc）处理样品的数据（a549）。它可以被gage接受用于分析，但生成无法打开的热图pdf文件（上图）。您是否介意帮我检查这些数据是否可以正确用于生成正确的量具结果？

最好的问候。

Answer 1

我自己也遇到了类似的问题。不确定100％，但是我认为当没有热图绘制时会出现此问题。就我而言，我正在与as.group和ref选择进行sample比较。我认为该软件将这种情况视为n的样本n，并且不能真正显示差异热图。当我尝试使用1ongroup设置时，可以看到pdf文件。

为什么不能打开由gage（一个R packge）创建的pdf文件

1 个答案: