如果线程多于核心，如何强制MPI不在所有核心上运行？

Question

上下文：我正在调试一个模拟代码，该代码要求在从重新启动文件继续模拟时MPI线程的数量不会改变。此代码在大型集群上运行，但我在较小的本地计算机上进行调试，因此我无需等待将作业提交到队列。该代码需要72个线程，这超过了本地计算机上的核心数。这本身不是问题 - 我可以运行更多线程而不是内核，只需要降低性能，这在调试时不是主要问题。

问题：我想为其他任务和其他用户留出一些核心。例如，如果我的小型本地计算机有48个内核，我想运行我的72个线程，比如36个内核，并留下12个内核空闲。我想在不完全接管机器的情况下在本地调试我的大代码。

假设我愿意处理运行在线程上而不是内核的内存和性能问题，我该如何实际执行此操作？我是否必须以某种方式进入调度程序的后端？这取决于我是使用MPICH还是Open-MPI等？

如果可能的话，我基本上正在寻找像mpirun -np 72 --cpus-per-proc 0.5这样的东西。

Answer 1

如果要在同一主机上全部启动进程，那么

taskset -c 0-35 mpiexec -np 72 ./a.out应该可以解决这个问题，并且应该基本上适用于所有MPI发行版（Open MPI，MPICH，Intel MPI等）。此外，请确保禁用MPI库的任何进程绑定，即为Open MPI 1.8 +传递--bind-to none，为Hydra传递-bind-to none，为Intel MPI传递-genv I_MPI_PIN=0。