Question

我试图在线排序各种线程，并且无法确定如何将输出传输到后续命令。我正在使用批处理脚本（通过bash）通过独立程序连接多个文件，这需要输入采用特定格式。

程序中用于连接的标准命令是：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUT1 $INPUT2... $INPUT n

我已经尝试了几种方法来定义输入文件，下面是最近的尝试。

file=$INPUTDIR/sublist.txt
  while read -r SUBJ; do

for cond in "med" "nomed"; do

for n in {01..10}; do

INPUT="stage2_${SUBJ}_${cond}_00${n}.nii.gz"

fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz `ls $INPUTDIR/$INPUT`

done; done; done < $file

但是，这导致在每个输入上分别运行命令而不是在所有输入上运行命令（如上面“标准命令”中所述）：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject1
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject2
...
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject10

编辑： sublist.txt列出如下。它们按照我需要通过fslmerge进行连接的顺序堆叠。

SUB003  
SUB006  
SUB007  
SUB010  
SUB011  
SUB001  
SUB004  
SUB008  
SUB009

对于每种情况（med，no med），每个受试者都有多个成分（n）。最终，我需要运行命令，以便它连接给定条件和组件的所有主题。一个例子是：

fslmerge -t $OUTDIR/stage2_ic0001_med.nii.gz stage2_SUB003_med_0001.nii.gz stage2_SUB006_med_0001.nii.gz stage2_SUB007_med_0001.nii.gz ... stage2_SUB009_med_0001.nii.gz

我非常感谢关于这个问题的任何意见和/或简化方法！而且我在编码方面相对较新，因此对任何术语错误都表示诚挚的道歉。我意识到我的尝试可能完全脱离了这个世界。

Answer 1

如果我理解正确，你想为每个cond / n组合运行命令，并合并所有主题的输入文件（即sublist.txt中列出的每个人）。是对的吗？如果是这样，我要做的就是将所有主题存储在一个数组中，然后使用该数组为每个主题生成输入文件列表：

subjectsfile=$INPUTDIR/sublist.txt
subjects=()
inputfileprefixes=()
while read -r subj; do
    subjects+=("$subj") # this isn't really needed, since we don't use the list directly.
    inputfileprefixes+=("$INPUTDIR/stage2_$subj")
done <"$subjectsfile"

for cond in "med" "nomed"; do
    for n in {1..20}; do
        fslmerge -t "$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz" "${inputfileprefixes[@]/%/_${cond}_00${n}.nii.gz}"
    done
done

这里有一些稍微沉重的阵列技巧。像"${arrayname[@]/%/something}"这样的东西需要一个数组，并且可以解决问题。到每个元素的末尾。所以说主题是＆＃34; alice＆＃34;，＆＃34; bob＆＃34;和＆＃34; cecil＆＃34;和INPUTDIR是＆＃34; / some / path＆＃34;。然后subjects设置为("alice" "bob" "cecil")，inputfileprefixes设置为("/some/path/stage2_alice" "/some/path/stage2_bob" "/some/path/stage2_cecil")，并且每个cond / n组合都会在相应的后缀上添加并将该列表传递给{{ 1}}，所以命令就像fslmerge一样。

警告：这尚未经过全面测试，我并不完全确定我理解这个问题。在运行之前备份所有重要的内容，以防万一愚蠢。

顺便说一下，我建议不要使用all-caps变量名（有一些被保留，你将错误地使用其中一个，并且会发生奇怪的事情）。另外，如果变量＆＃39;是一个好主意，可以双引号包含变量扩展的字符串（就像我对

fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic001_med.nii.gz /some/path/stage2_alice_med_001.nii.gz /some/path/stage2_bob_med_001.nii.gz /some/path/stage2_cecil_med_001.nii.gz

所做的那样）。值包含空格或其他shell元字符。

将多个文件管道化为$ variable

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