Question

我对python很陌生，我试图将它嵌入到bash脚本中。我有以下bash shell脚本：

#!/bin/bash

while read line
do
    ORD=`echo $line | cut -c 1-7`
    if [[ -r ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa ]]
    then
        touch ../Results/Log_Files/Log_${ORD}.txt
        for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
            printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
            for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
                printf 'Value of per is %d\n' "$per"
                WCNO=`grep -o "n\|N" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCNF=`grep -o "n\|N" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                WCAO=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCAF=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`
                echo $ORD $PERN
            done
        done
    else
        echo ${ORD}"_COMBI_RAW.fa does not exist"
    fi
done < ./Data_ORD.txt

我想执行存储在调用python

的变量中的百分比计算

PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`

括号出现问题所以当我运行bash脚本时，我得到以下输出：

command substitution: line 17: syntax error near unexpected token `('
command substitution: line 17: `echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python'

bash有问题吗？据我所知，操作顺序在python中用括号定义。

谢谢，

Answer 1

bash正在解释您不想要的(。你需要用引号括起你发送给python的表达式。

PERN=`echo "print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO." | python`

如果您对您正在做的bash 想法感到好奇......

构造(...)表示要在子shell中运行的内容。首先，bash会插入变量$WCNO和$WCNF。然后它将尝试在子shell中作为命令运行parens中的东西。除非该字符串巧合地作为命令存在，否则bash会抱怨，因为它试图找到的命令不存在。

另请参阅Unix.SE上的this answer。

在bash脚本中嵌入python

1 个答案: