Question

我有一些复杂的问题（复杂的意思是我在研究的几个小时内找不到解决方案）问题是：

我提交了大量脚本来运行（在SGE集群上），其中一些脚本生成了核心。＃files（核心转储文件）。我想我可以用gdb打开那些文件，现在我只是打开核心。＃file我看到了：（gdb输出的最后几行）

Core was generated by `/tools/graphmap/bin/Linux-x64/graphmap align --overlappe'.
Program terminated with signal 11, Segmentation fault.
#0  0x00000000004a554b in ?? ()
"/4thExp/core.82912" is a core file.
Please specify an executable to debug.

现在我的问题 - 我需要找到导致崩溃的程序的参数。上面提到的输出只显示导致崩溃的命令的开头：“核心是由`/ groups / nshomron / artemd / tools / graphmap / bin / Linux-x64 / graphmap align --overlappe'生成的。”

如果我能看到命令的其余部分，我会解决我的问题，但经过几个小时的在线搜索和检查gdb手册后，我找不到任何有用的东西。我尝试使用导致崩溃的程序加载gdb“gdb .... / graphmap core。＃”但是我仍然只得到错误命令的开头并且无法得到任何其他内容。

非常感谢任何帮助建议。

更新：正如用户@ ks1322建议的那样 - 我仔细查看了主题。首先，我执行了“信息线程”并获得了输出：

(gdb) info threads
  24 Thread 0x2b29409bd700 (LWP 82927)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  23 Thread 0x2b29401b9700 (LWP 82923)  0x00000031d00f820e in __lll_lock_wait_private () from /lib64/libc.so.6
* 22 Thread 0x2b29403ba700 (LWP 82924)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  21 Thread 0x2b29413c2700 (LWP 82932)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  20 Thread 0x2b293fbb6700 (LWP 82920)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  19 Thread 0x2b293fdb7700 (LWP 82921)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  18 Thread 0x2b2940bbe700 (LWP 82928)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  17 Thread 0x2b293f3b2700 (LWP 82916)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  16 Thread 0x2b29411c1700 (LWP 82931)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  15 Thread 0x2b2940dbf700 (LWP 82929)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  14 Thread 0x2b29419c5700 (LWP 82935)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  13 Thread 0x2b293efb0700 (LWP 82914)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  12 Thread 0x2b293f7b4700 (LWP 82918)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  11 Thread 0x2b29407bc700 (LWP 82926)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  10 Thread 0x2b293f9b5700 (LWP 82919)  0x00000031d00f820e in __lll_lock_wait_private () from /lib64/libc.so.6
  9 Thread 0x2b29415c3700 (LWP 82933)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  8 Thread 0x2b29405bb700 (LWP 82925)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  7 Thread 0x2b292ea08be0 (LWP 82912)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  6 Thread 0x2b293ffb8700 (LWP 82922)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  5 Thread 0x2b293edaf700 (LWP 82913)  0x00000031d0045063 in vfprintf () from /lib64/libc.so.6
  4 Thread 0x2b2940fc0700 (LWP 82930)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  3 Thread 0x2b293f1b1700 (LWP 82915)  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
  2 Thread 0x2b29417c4700 (LWP 82934)  0x0000000000412bd6 in obtainAlignment(unsigned char const*, unsigned char const*, int, unsigned char const*, unsigned char const*, int, int, int, unsigned char**, int*) ()
  1 Thread 0x2b293f5b3700 (LWP 82917)  0x00000000004a554b in GraphMap::ProcessKmerCacheFriendly_(signed char*, long, ScoreRegistry*, MappingData*, Index*, SingleSequence const*, ProgramParameters const*) ()

它没有告诉我，所以我继续寻找“主线”。我逐个切换到每个线程，并执行“信息堆栈”。包含相关内容的唯一线程是线程7.信息堆栈输出：

(gdb) thread 7
[Switching to thread 7 (Thread 0x2b292ea08be0 (LWP 82912))]#0  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
(gdb) info stack
#0  0x00000031d00ac6aa in times () from /lib64/libc.so.6
#1  0x00000031d009bcba in clock () from /lib64/libc.so.6
#2  0x00000000004ccaed in GraphMap::RegionSelectionNoCopy_(long, MappingData*, std::vector<Index*, std::allocator<Index*> >, SingleSequence const*, ProgramParameters const*) ()
#3  0x00000000004c3544 in GraphMap::ProcessRead(MappingData*, std::vector<Index*, std::allocator<Index*> >, SingleSequence const*, ProgramParameters const*, EValueParams const*) ()
#4  0x00000000004adf43 in GraphMap::ProcessSequenceFileInParallel ()
#5  0x00002b292e7f096f in GOMP_parallel () from /share/apps/gcc/gcc530/lib64/libgomp.so.1
#6  0x00000000004b0b08 in GraphMap::ProcessSequenceFileInParallel(ProgramParameters*, SequenceFile*, long*, _IO_FILE*, long*, long*) ()
#7  0x00000000004b1796 in GraphMap::ProcessReadsFromSingleFile(ProgramParameters&, _IO_FILE*) ()
#8  0x00000000004b281e in GraphMap::Run(ProgramParameters&) ()
#9  0x00000000005087fe in main ()

但是我从这里再次陷入困境（简短提醒：我的目标是找到破坏执行的完整命令，其开头显示在gdb的第一页上，如下所示：

Core由`/ tools / graphmap / bin / Linux-x64 / graphmap align生成 --overlappe”。

非常感谢来自这里的任何帮助。

最终更新，问题解决了：我按照@ ks1322建议进入了这个stack overflow thread然后我重复了第一个答案中描述的内容，并且能够获得参数。< / p>

（我对使用gdb的有限知识所理解的简要概述：首先你应该检查运行任务的线程，你可以用“信息线程”来做，然后你需要检查哪个线程有“主”在它的堆栈中，我通过使用“线程＃”逐个切换线程并使用“信息堆栈”打印堆栈直到我找到主要包含它的线程来完成它。在我的情况下，它在“info”中显示如下堆栈“＃9 0x00000000005087fe in main（）”。然后根据链接线程中的说明，我执行“set backtrace past-main”然后执行“bt”，然后将帧更改为包含“in _start（）”的帧，命令“frame＃”。几乎完成了，现在我运行了命令“x / 8gx $ rsp + 8”，显示了几行，每行有2个收件人。在我的情况下，第二行看起来像这样“0x7ffe38f872d8：0x00007ffe38f88c35 0x00007ffe38f88c73” 现在如果一切正常，这个地址可以包含导致该命令的命令的一个参数粉碎，您可以使用“x / s”命令检查它：“x / s 0x00007ffe38f88c35”并打印参数。重要说明：我有很多参数，所以我需要转到后来没有在“x / 8gx $ rsp + 8”命令中显示的收件人，我注意到地址递增了常数值（三位一进制），所以我手动在计算器中添加“3”到地址并用x / s检查地址，直到我得到我想要的参数）

非常混乱的解决方案，我希望有人能找到一个更简单的解决方案，但这就是我能找到的。

非常感谢@ks1322为我解决了问题，并指导我解决问题。

Answer 1

您可以使用匹配的二进制文件（生成核心转储的二进制文件）加载核心转储，并在argv函数所在的框架中打印main值。

这样的事情：

gdb /tools/graphmap/bin/Linux-x64/graphmap /4thExp/core.82912

然后将堆栈跟踪上升到int main(int argc, char *argv[])所在的初始帧。现在，您可以从gdb提示符打印参数的数量及其值。

更新：
看来您的二进制文件是多线程的，并且在某些辅助线程中发生了崩溃。因此，您应该找到main线程并切换到它。以下是如何使用多个线程为Firefox执行此操作的示例：

(gdb) t a a bt -1

Thread 59 (Thread 0x7f691deff700 (LWP 25924)):
#12 0x00007f69dce93f6f in clone () at ../sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/clone.S:105
..........
..........
many threads are listed here
..........
..........
Thread 1 (Thread 0x7f69de01a740 (LWP 4143)):
#17 0x000056374cb38817 in main ()
(gdb) t 1
[Switching to thread 1 (Thread 0x7f69de01a740 (LWP 4143))]
#0  0x00007f69dce8800d in poll () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:84
84  T_PSEUDO (SYSCALL_SYMBOL, SYSCALL_NAME, SYSCALL_NARGS)

现在gdb切换到main线程（线程1）。

gdb调试核心。＃file - 获取导致崩溃的完整命令

1 个答案: