我尝试使用autotools编译Fortran 90程序。我的makefile.am在这里：
AUTOMAKE_OPTIONS = foreign subdir-objects
bin_PROGRAMS = medys
medys_SOURCES = src/all_v001/basics.f90 src/all_v001/variables.f90 src/all_v001/read_input.f90 src/all_v001/math.f90 src/all_v001/champ1.f90 src/all_v001/grille.f90 src/all_v001/NewSubroutines.f90 src/all_v001/Tests.f90 src/all_v001/string.f90 src/all_v001/io_module.f90 src/all_v001/precision.f90 src/core/error.f90 src/all_v001/matrix_modifications.f90 src/all_v001/matrix_temp_lowlvl.f90 src/all_v001/matrix_temp_highlvl.f90 src/all_v001/read_columbus.f90 src/all_v001/ortho.f90 src/all_v001/qp_integrals.f90 src/all_v001/observable.f90 src/all_v001/nouveaudrt.f90 src/all_v001/read_gamess.f90 src/all_v001/dynamique.f90 src/main/main.f90
AM_FCFLAGS = -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -nogen-interface -fpe0 -traceback -debug extended -heap-arrays -fp-stack-check -debug all -openmp
我的configure.ac就在这里：
AC_INIT([medys], [0.1], [meitnerium109@gmail.com])
m4_define([_AC_F95_FC], [ifort])
AC_CONFIG_SRCDIR([src/main/main.f90])
AC_CONFIG_AUX_DIR([build-aux])
AM_INIT_AUTOMAKE
AC_PROG_FC
AC_PROG_CC
AC_CONFIG_FILES([Makefile])
AC_OUTPUT
每个.o文件都能正确编译，但对于bin文件编译失败。如果我手动编译，但在编译结束时添加FLAG，则编译成功。使用make命令，编译失败：
ifort -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -nogen-interface -fpe0 -traceback -debug extended -heap-arrays -fp-stack-check -debug all -openmp -g -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -o medys src/all_v001/basics.o src/all_v001/variables.o src/all_v001/read_input.o src/all_v001/math.o src/all_v001/champ1.o src/all_v001/grille.o src/all_v001/NewSubroutines.o src/all_v001/Tests.o src/all_v001/string.o src/all_v001/io_module.o src/all_v001/precision.o src/core/error.o src/all_v001/matrix_modifications.o src/all_v001/matrix_temp_lowlvl.o src/all_v001/matrix_temp_highlvl.o src/all_v001/read_columbus.o src/all_v001/ortho.o src/all_v001/qp_integrals.o src/all_v001/observable.o src/all_v001/nouveaudrt.o src/all_v001/read_gamess.o src/all_v001/dynamique.o src/main/main.o
像这样的消息错误
src/main/main.f90:471: undefined reference to `zgemm_mkl95_'
但是如果我把编译标志放在最后，那么编译就可以了：
ifort -o medys src/all_v001/basics.o src/all_v001/variables.o src/all_v001/read_input.o src/all_v001/math.o src/all_v001/champ1.o src/all_v001/grille.o src/all_v001/NewSubroutines.o src/all_v001/Tests.o src/all_v001/string.o src/all_v001/io_module.o src/all_v001/precision.o src/core/error.o src/all_v001/matrix_modifications.o src/all_v001/matrix_temp_lowlvl.o src/all_v001/matrix_temp_highlvl.o src/all_v001/read_columbus.o src/all_v001/ortho.o src/all_v001/qp_integrals.o src/all_v001/observable.o src/all_v001/nouveaudrt.o src/all_v001/read_gamess.o src/all_v001/dynamique.o src/main/main.o -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -nogen-interface -fpe0 -traceback -debug extended -heap-arrays -fp-stack-check -debug all -openmp -g -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64
autotools使用以下命令进行编译：
$(FC) $(AM_FCFLAGS) $(FCFLAGS) -c $(FCFLAGS_f90) $<
我可以更改吗？你有其他建议吗？
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你的AM_FCFLAGS应该只包含-I标志，即使只有那些对你的构建本地系统结构至关重要的标志（也就是说，所有这些标志最有可能使用$(top_srcdir)。
如果要与第三方库链接，则应通过 FCFLAGS的编译器标志（包括-I标志）和LDADD的链接器标志，例如
medys_FCFLAGS = -I/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/include/intel64/lp64/ -nogen-interface -fpe0 -traceback -debug extended -heap-arrays -fp-stack-check -debug all -openmp
medys_LDADD = -L/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -lpthread -liomp5 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64
或类似的东西。
我是一名C ++程序员，但那里没有太大的区别（我只需要在使用FC的地方使用CXX）。以下是一个好的Makefile.am的示例：https://github.com/CarloWood/ai-xml/blob/master/Makefile.am
如您所见，我的所有第三方库标志，编译器和链接器都是来自configure.ac的AC_SUBST。例如，其中的BOOST *，LIBXML_CFLAGS和LIBXML_LIBS通过在我的configure.ac中包含（使用m4_include（））来设置：https://github.com/CarloWood/ai-xml/blob/master/configure.m4