Question

我在发布之前很快搜索了这个，但找不到任何类似的帖子。如果它们存在，请告诉我。

正在执行的命令看起来非常简单。目录列表用作函数的输入。

该目录包含一堆名为“epi1_mcf_0 ###。nii.gz”的文件

命令行版本（执行此操作时bash正在运行）：

fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz`

Shell脚本版本：

#!/bin/bash
fslmerge -t output_file `ls epi1_mcf_0*.nii.gz`

命令行版本失败，但shell脚本运行完美。

错误消息特定于该功能，但无论如何都包括在内。

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for 'epi1_mcf_0000.nii.gz'
** ERROR: nifti_image_open(epi1_mcf_0000.nii.gz): bad header info
Error: failed to open file epi1_mcf_0000.nii.gz
Cannot open volume epi1_mcf_0000.nii.gz for reading!

我对此问题感到非常沮丧（在我发现有一种方法可以让命令工作之后，我不太感到沮丧。）

任何帮助都将不胜感激。

（或者普遍认为应该在“fslmerge”函数中查找问题？）

Answer 1

`ls epi1_mcf_0*.nii.gz`更好地编写为epi1_mcf_0*.nii.gz。如：

fslmerge -t output_file epi1_mcf_0*.nii.gz

`ls`不会添加任何内容。

^{注意：作为答案而不是评论发布。 Markdown-lite注释解析器在我的`` `ls epi1_mcf_0*.nii.gz` ``标记上被阻塞。}

Answer 2

（我先在评论中提到过这个问题，但是因为它有所帮助我会做出回答！）

您是否定义了任何shell别名？（类型alias）这些将影响在命令行键入的命令，但不会影响脚本。

Linux通常将ls定义为ls --color。这可能会影响输出，因为颜色代码通过常规输出流作为转义码发送。如果您使用ls --color=auto，它将自动检测其输出是否为终端。来自man ls：

默认情况下，颜色不用于区分文件类型。那是相当于使用--color=none。使用--color选项而不使用可选的WHEN参数等同于使用--color=always。同 --color=auto，仅当标准输出连接到终端（tty）时才输出颜色代码。

命令可以从Shell脚本运行，但不能从命令行运行？

2 个答案: