循环遍历示例文件bash

时间:2017-02-10 03:04:23

标签: bash

我是初学者所以非常感谢帮助。

我有代码从sample.txt文件循环遍历示例名称并执行命令。

我得到一个错误,说软件无法读取文件。我已经仔细检查了一切,这一切看起来都很好吗? sample.txt包含一个列表,例如:

C1
C2
C3 
etc

我的代码是:

#!/bin/bash
set -e
set -u

input=/fastq_trimmed/;

genome=/GI_1st_pass/

sample_info=/RNAseq/sample.txt

sample_files=($(cut -f 1 "$sample_info"))
for file in ${sample_files[@]}
do
  echo working with "$file"

  STAR2 --genomeDir $genome --readFilesIn $input$file'_fwd_paired.fastq' $input$file'_rev_paired.fastq' 
done;

我做错了什么?

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