如何找到与另一个感兴趣的列表匹配的LD和MAF的SNP列表

Question

我是遗传学的初学者。我有一个感兴趣的SNP列表，我想找到另一个与LD和MAF匹配的SNP列表。有没有软件可以这样做？这可以在PLINK中完成吗？我真的不知道如何使用PLINK。

Answer 1

在评论中回答您的问题：

1. 我建议使用1000Genomes，并在必要时限制种族人口。对于每个样本的原始人口，请参阅： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel。您可以使用PLINK中的 <Image style={{width: 50, height: 50}} source={{uri : (this.props.item.imageName)}} /> 选项仅分析感兴趣的子集。

2. 使用PLINK。除非您使用优化的库，否则R可能会太慢。

3. 在此处查看有关SO的其他问题的答案：Minor allele frequency matching?