矩阵heatmap.2的最大大小可以处理

时间:2017-02-28 21:47:14

标签: r heatmap

我正在尝试使用heatmap.2(RStudio)生成一个包含~40,000行和7列的热图。热图的期望目的不是查看单个行,而是查看有序数据集的总体趋势。

当我尝试使用7列的35行更小的矩阵时,这非常有用:

library(gplots)      #need to bring gplots into library, perform each time
y <- data.matrix(x)  #converting .csv file dataset to a data.matrix
poy <- colorRampPalette(c("purple", "orange", "yellow")) 
heatmap.2(y, col=poy, main = "Test2", trace = "none", margins = c(10,12), Rowv = FALSE, Colv = FALSE)

但是RStudio似乎被整个40,000 x 7的数据矩阵所困扰。我正在关闭树形图函数以节省处理能力,因为我不希望矩阵重新聚类。

这是处理能力问题还是热图?2只是不是为这么大的矩阵而设计的?谢谢!

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