Python - 3D医学图像注册库

Question

Python中有哪些库能够读取具有.vtk或.stl等扩展名的CT模型文件，并使用普通视频执行3D图像注册。我发现很多软件都具备这种能力，但我所寻找的并不是一个程序，而是一个Python库，如Numpy或OpenCV，我需要做的只是import numpy或import cv2。

以我想做的为例

• 步骤1 - 获取人的头骨的3D CT模型
• 第2步 - 将3D CT模型读入Python
• 第3步 - 获取静止不动的人的正常视频
• 步骤4 - 执行3D CT头骨的注册 正常视频中的人头
• 步骤5 - 显示注册输出

我发现了一些“似乎”做这类事情的Python库，但他们在库描述中没有足够的信息来确保这就是我想要的。我也愿意使用多个库。有没有人做过类似的事情，如果有经验的任何图书馆的人能给我一些建议，那就太好了，谢谢。如果没有，我也会考虑其他语言的图书馆。

到目前为止我考虑的内容

1. C ++中的FW4SPL Libarary
2. C ++中的MITK库
3. Python中的MeVisLab软件
4. C ++中的Elastix库
5. Python中的SimpleElastix库
6. C ++中的ITK库
7. Python中的SimpleITK库

对于FW4SPL和MITK，由于在调试旧错误后不断出现新错误，我无法成功编译源代码。似乎新错误的发生不会停止发生（我花了很多时间做这个并且不想再继续）。

对于MeVisLab，这不是一个Python库，例如numpy或opencv，但它是一个GUI，也可以编程。

对于Elastix，SimpleElastix，ITK和SimpleITK，它们确实是C ++和Python库，看起来很完美，但我不确定它们是否满足我的要求上述应用。此外，我对彼此之间的关系感到非常困惑。

Answer 1

我第一次玩vtk和stl文件。你的问题让我很好奇，但我显然没有经验。在上述评论之前我开始研究这个问题。我没有意识到我们是偏离主题的，对不起。所以我在这一点上给你我的结论，因为它是为了分享而建的。

1）.vtk文件 事实证明，我看到的大部分库都是用于python 2.7，而我更喜欢最新版本（现在是3.5）。 对于3.5我终于采用了似乎很有希望的'woodscn'版本，因为编码在我看来所有必需的信息都在Reading a .vtk file with python

2）.stl文件 来自＆＃39; conda-forge'的'nestly'包看起来不错，在https://github.com/fhcrc/nestly/blob/master/examples/basic_nest/make_nest.py上有一个典型的例子

然后你只需要在python脚本中编写import vtk和import nestly。

希望这会有所帮助