Question

我正在尝试使用R中的spread()包中的tidyr函数来处理具有大约300万个观察值的数据帧。它返回以下错误消息：

Error : C stack usage  26498106 is too close to the limit

当我运行Cstack_info()时，它会告诉我

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   7969177      15272          1          2

根据this问题答案中的建议，我尝试通过在终端窗口中运行ulimit -s 32768并从终端打开Rstudio来增加堆栈大小。但是，当我尝试这个时，Cstack_info()的输出没有改变，当我运行我的代码时，我收到相同的错误消息。继同一个早期问题的另一个答案后，我尝试更新R和Rstudio，也无济于事。我在这里做错了什么？

我在mac os x 10.12.2上运行R 3.3，内存为16 GB。

Answer 1

我遇到过类似的情况，对于我来说，可以通过设置launchctl限制来增加C Stack的大小。

在设置launchctl限制之前：

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   7969177      17072          1         2

$ ulimit -s
stack size              (kbytes, -s) 8192

$ sudo launchctl limit
stack       8388608        67104768

设置启动限制：

$ cd /Library/LaunchDaemons/
$ sudo vi limit.stack.plist # create a new plist file to set new stack value

<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>Label</key>
    <string>limit.maxfiles</string>
    <key>ProgramArguments</key>
    <array>
      <string>launchctl</string>
      <string>limit</string>
      <string>stack</string>
      <string>67104768</string>
      <string>67104768</string>
    </array>
    <key>RunAtLoad</key>
    <true/>
    <key>ServiceIPC</key>
    <false/>
  </dict>
</plist>

重启后：

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   63749529      17072          1          2

$ ulimit -s
stack size              (kbytes, -s) 65532

$ sudo launchctl limit
stack       67104768       67104768

R版本3.5.0
macOS High Sierra 10.13.5

如何在R中设置C堆栈的大小？

1 个答案: