Snakemake：在LSF集群中执行时的子工作流错误

Question

我有两个非常相似的Snakemake工作流程。它们都共享一个子工作流程和一些包含。它们都在干运行时起作用。它们都使用相同的cluser配置文件，并且我使用相同的启动命令运行它们。其中一个在使用此错误提交到LSF群集时失败：

Executing subworkflow wf_common.
WorkflowError:
Config file __default__ not found.

我想知道Snakemake中两个工作流共享子工作流程是否“合法”，就像在这种情况下一样，如果不是，我运行首先工作的工作流程的事实是否会产生这种效果。

Answer 1

你能试试Snakemake 3.12.0吗？它修复了将群集配置传递给子工作流程的错误。我认为这可以解决你的问题。