将包含不同大小的行的数据加载到Numpy数组

时间:2017-05-11 19:38:03

标签: python numpy

假设我有一个包含以下数据的文本文件:

1  2  3  4  5
6  7  8 
9  10 11 12 13 14
15 16 17 18 19

如何将其加载到numpy数组中,看起来像这样?

[1  2  3  4  5  0
 6  7  8  0  0  0
 9  10 11 12 13 14
 15 16 17 18 19 0 ]

到目前为止我使用的方法包括逐行读取文本文件,将每一行附加到列表中,找到具有最大长度的行并相应地填充其余行。

有人能提出更有效的方法吗?

非常感谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

填充列表列表可以通过各种方式完成,但由于您已经从文件中读取了这些内容,我认为itertools.zip_longest将是一个良好的开端。

In [201]: txt = """1  2  3  4  5
     ...: 6  7  8 
     ...: 9  10 11 12 13 14
     ...: 15 16 17 18 19"""

读取并解析文本行:

In [202]: alist = []
In [203]: for line in txt.splitlines():
     ...:     alist.append([int(i) for i in line.split()])
     ...:     
In [204]: alist
Out[204]: [[1, 2, 3, 4, 5], [6, 7, 8], [9, 10, 11, 12, 13, 14], [15, 16, 17, 18, 19]]

zip_longest(此处为PY3表格)采用填充值:

In [205]: from itertools import zip_longest
In [206]: list(zip_longest(*alist, fillvalue=0))
Out[206]: 
[(1, 6, 9, 15),
 (2, 7, 10, 16),
 (3, 8, 11, 17),
 (4, 0, 12, 18),
 (5, 0, 13, 19),
 (0, 0, 14, 0)]
In [207]: np.array(_).T
Out[207]: 
array([[ 1,  2,  3,  4,  5,  0],
       [ 6,  7,  8,  0,  0,  0],
       [ 9, 10, 11, 12, 13, 14],
       [15, 16, 17, 18, 19,  0]])

zip(*)也可用于“转置”列表列表:

In [209]: list(zip(*alist1))
Out[209]: 
[(1, 2, 3, 4, 5, 0),
 (6, 7, 8, 0, 0, 0),
 (9, 10, 11, 12, 13, 14),
 (15, 16, 17, 18, 19, 0)]

我猜你正在做更多的事情:

In [211]: maxlen = max([len(i) for i in alist])
In [212]: maxlen
Out[212]: 6
In [213]: arr = np.zeros((len(alist), maxlen),int)
In [214]: for row, line in zip(arr, alist):
     ...:     row[:len(line)] = line
     ...:     
In [215]: arr
Out[215]: 
array([[ 1,  2,  3,  4,  5,  0],
       [ 6,  7,  8,  0,  0,  0],
       [ 9, 10, 11, 12, 13, 14],
       [15, 16, 17, 18, 19,  0]])

对我来说这看起来很不错。

常规海报Divakar喜欢发布使用cumsum的解决方案。让我们看看我是否可以重现它。它涉及构建一个非零值应该去的1d掩码。向后工作我们需要一个像:

这样的面具
In [240]: mask=arr.ravel()>0
In [241]: mask
Out[241]: 
array([ True,  True,  True,  True,  True, False,  True,  True,  True,
       False, False, False,  True,  True,  True,  True,  True,  True,
        True,  True,  True,  True,  True, False], dtype=bool)

那样:

In [242]: arr.flat[mask] = np.hstack(alist)

这个映射有一个技巧,我还没有完全内化!

诀窍是广播[0,1,2,3,4,5]的长度:

In [276]: lens=[len(i) for i in alist]
In [277]: maxlen=max(lens)
In [278]: mask=np.array(lens)[:,None]>np.arange(maxlen)
In [279]: mask
Out[279]: 
array([[ True,  True,  True,  True,  True, False],
       [ True,  True,  True, False, False, False],
       [ True,  True,  True,  True,  True,  True],
       [ True,  True,  True,  True,  True, False]], dtype=bool)
In [280]: arr = np.zeros((len(alist), maxlen),int)
In [281]: arr[mask] = np.hstack(alist)
In [282]: arr
Out[282]: 
array([[ 1,  2,  3,  4,  5,  0],
       [ 6,  7,  8,  0,  0,  0],
       [ 9, 10, 11, 12, 13, 14],
       [15, 16, 17, 18, 19,  0]])