逐行计算特定元素

Question

我想计算每行中NN的出现次数，然后删除包含更多NN次出现的行。我写了一个脚本来逐行计算出现次数，但它没有给出所需的输出。

输入：

Qcode   B_32_ISO.GT     B_45_ISO.GT     B_63_ISO.GT     B_72_ISO.GT     B_85_ISO.GT     B_89_ISO.GT     B_9_I
NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN

的Perl

#!/usr/bin/perl

open( In,  "$ARGV[0]" );
open( Out, ">$ARGV[1]" );

%count;

while ( $line = <In> ) {

    chomp( $line );

    if ( $line =~ /rs#/ ) {
        print Out "$line\n";
        next;
    }

    @arr = split( /\t/, $line );

    for ( $i = 11; $i <= $#arr; $i++ ) {
        $count{ $arr[$i] }++;
    }

    while ( my ( $key, $value ) = each( %count ) ) {
        print "$key:$value\n";
    }
}

close In;
close Out;

输出：

TT:2
NN:538
AC:2
AA:6

TT:2
NN:1070
AC:2
CC:6
AA:6
TT:3
CT:1

我想计算每一行的出现次数而不是所有行的求和。

Answer 1

在转到下一行之前，你不能清除％count。

为什么不使用strict和warnings？在第6行使用%count;不会做任何事情，只是将其范围限制在循环中更加清晰 - 因此您甚至不需要清除它。

Answer 2

这会计算一行中NN的数量并跳过包含NN的行：

use strict;
use warnings;

while (my $line = <DATA>) {
    if (my $number_of_nn = (() = $line =~ /(NN)/g)) {
        print "Number of NN is $number_of_nn\n";
    }
    else {
        print $line;
    }
}

__DATA__
Qcode   B_32_ISO.GT     B_45_ISO.GT     B_63_ISO.GT     B_72_ISO.GT     B_85_ISO.GT     B_89_ISO.GT     B_9_I
NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN      NN