Question

我正在用ggplot2制作一些代谢组学数据的火山图。它运作良好，我有颜色反映p值和折叠变化截止。但是，我希望这些点根据“变量”列中的值进行着色。

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp, colour=posthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.5, size=2.5) +
 theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-5, 5)) + ylim(c(0, 12)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")
volcano

＆＃34;变量＆＃34; foldpg的列有四个可能的值 - 我喜欢每种颜色的唯一颜色。

由于

Answer 1

我使用三个变量

生成了一个数据框foldpg

x=log2fold
y=logp
variable

＆＃34;变量＆＃34; foldpg的列有四个可能的值A, B, C, D

log2fold<-runif(100, -1, 1)
logp<-runif(100, -5, 5)
variable<-sample( LETTERS[1:4], 100, replace=TRUE)
foldpg<- data.frame(variable, log2fold, logp)

使用geom_point(aes(colour = variable))设置四种颜色，而使用scale_colour_manual，您可以将颜色分配给四个值A, B, C, D。

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp)) +
  geom_point(aes(colour = variable), alpha=0.5, size=2.5) +
  scale_colour_manual(values = c("A"= "yellow", "B"="red",  "C"= 
  "black", "D"="green"))
volcano

但是，您需要排除colour=posthreshold

火山阴影颜色由变量

1 个答案: