使用MICE包计算的数据计算glm模型的AUC

时间:2017-05-24 13:37:33

标签: r missing-data glm roc auc

在常规数据集上,调用将如下所示:

library(ROCR)

mymodelFit1 <- glm(data = myData, Outcome~ predictor1+ 
predictor2+ predictor3,
             family = binomial(link = "logit")))

prob <- predict(mymodelFit1, newdata=myData, type="response")
pred <- prediction(prob, myData$Outcome)
perf <- performance(pred, measure = "tpr", x.measure = "fpr")
plot(perf)
auc <- performance(pred, measure = "auc")
auc <- auc@y.values[[1]]
auc

现在,我已经使用鼠标包来填补缺失的数据:

library(mice)

impData <- mice(analysis_set,m=5,maxit=50,meth='pmm',
seed=500, printFlag = FALSE)

使用插补数据集生成逻辑模型:

mymodelFit2 <- with(data = impData, exp = glm(Outcome~ predictor1+ 
predictor2 + predictor3,
             family = binomial(link = "logit")))

问题是:如何计算新模型(mymodelFit2)的AUC?

&#34小鼠&#34;为缺失值生成x个集合(在这种情况下为5,在m =参数mouse()中指定)。该模型具有x数(在这种情况下为5)的估计值。

是否有功能或简单的方法来计算这些模型的AUC?我怎样才能获得汇集模型的AUC?

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