Question

我有类似的输出

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# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
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Detected 4 CPUs
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Analyzing the binding site ... done.
Using random seed: -1786073016
Performing search ... done.
Refining results ... done.

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1        -10.7      0.000      0.000
   2        -10.4      0.460      1.612
   3         -8.6      1.625      6.452
   4         -8.1      1.515      5.404
   5         -8.1      1.569      5.214
   6         -7.9      1.616      6.148
   7         -7.9      1.380      2.324
Writing output ... done.

但我只想要以下作为输出

-10.7
-10.4   
-8.6    
-8.1    
-8.1    
-7.9   
-7.9

我正在尝试以下命令行

grep ' kcal/mol ' ./1/data01/lig2_noch.pdbqt.txt | awk '{print $2}' >>test1.txt

但没有成功，任何人都可以快速解决如何在这些文件中获得如上所述的2美元数字吗？

Answer 1

测试第一列是否为数字，然后打印第二列。

awk '$1 ~ /^[0-9]+$/ {print $2}' ./1/data01/lig2_noch.pdbqt.txt >> test1.txt

Answer 2

尝试：如果您显示的输出始终相同，则以下内容可能对您有帮助。

awk '/output ... done/{A=""} /^-----/{A=1;next} A{print $2}'   Input_file

寻找sting输出...完成并将变量A的值设为NULL。然后再次寻找一条线从一条线开始-----然后将变量A的值变为1.然后提到A意味着检查A的值是否为空然后打印$ 2（第二个字段）这是根据您的要求）。在这里提到Input_file。

您也可以使用上面的内容，或者如果输出来自运行脚本，那么您可以尝试使用：

./your_already_running_script | awk '/output ... done/{A=""} /^-----/{A=1;next} A{print $2}'

如何通过避免标题标题来grep列？

2 个答案: