Biopython NCBI / Entrez总结输出与R包输出之间的差异

时间：2017-06-02 04:15:06

标签： python r biopython ncbi rentrez

我是通过Biopython和一些R套件（rentrez和reutil）访问Entrez的新手。使用esummary访问'nuccore'数据库时，Biopython返回的输出字段与R包返回的输出字段不同。

的Python：

handle = Entrez.esearch(db='nuccore', term='183844[GPRJ]', retmax=75000)
record = Entrez.read(handle)
id_list = record["IdList"]
search_results = Entrez.read(Entrez.epost("nuccore", id=",".join(id_list), restart=1, retmax=10000))
webenv = search_results["WebEnv"]
query_key = search_results["QueryKey"]
handle1 = Entrez.esummary(db="nuccore", query_key=query_key, WebEnv=webenv)
record1 = Entrez.read(handle1)

Biopython返回的字段是：

[ 'AccessionVersion'， '字幕'， '注释'， 'CREATEDATE'， '额外'， '标志'， 'GI'， 'ID'， '项'， '长度'， 'ReplacedBy'， '状态'， 'TaxId'， '名称'， 'UpdateDate']

R（重新包装）：

trak <- esearch('183844[GPRJ]', "nuccore", usehistory=TRUE, retmax = 70000)
query_key <- 1
web_env <- "NCID_1_224566406_130.14.18.34_9001_1496371219_1582367639_0MetA0_S_MegaStore_F_1"
esum <- esummary(db="nuccore", querykey = query_key, webenv = web_env, retstart = 1, retmax = 10000)
gtrkr <- content(esum, "parsed")

虽然R包reutil和rentrez返回的字段是： 结果包含31个项目：

['uid'，'caption'，'title'，'extra'，'gi'，'createdate'，'updatedate'，'flags'，'taxid'，'slen'，'biomol'，'moltype '，'拓扑'，'sourcedb'，'segsetsize'，'projectid'，'基因组'，'子类型'，'子名'，'assemblygi'，'assemblyacc'，'tech'，'完整性'，'遗传密码'， 'strand'，'organism'，'strain'，'biosample'，'statistics'，'properties'，'oslt']

提前致谢。

2 个答案:

答案 0 :(得分：2)

迟到了，但作为biopython和rentrez的维护者的过去贡献者，我觉得我需要解释这里发生了什么。

默认情况下，Biopython正在访问“版本1.0”的esummary记录，而R包正在获取“版本2.0”记录。在rentrez帮助页面中简要讨论了这些记录之间的差异：

  

NCBI为摘要文件提供两种不同的格式。版        1.0是基于的数据库记录的相对有限的摘要        共享文档类型定义。版本1.0摘要仅供参考        以XML格式提供，不适用于某些较新的数据库        2.0版摘要通常包含有关a的更多信息        给定记录，但每个数据库都有自己独特的格式。 2.0        摘要可用于所有数据库中的记录和JSON        和XML文件。从版本0.4开始，rentrez获取版本2.0        默认情况下摘要并使用JSON作为交换格式（作为JSON        对象可以更容易地转换为本机R类型）。现有        依赖于“版本”的结构和命名的脚本        通过设置新的“版本”可以更新1.0“摘要文件        参数为“1.0”。

只是为了证明改变这个论点再现了Biopython的结果。

> eg_gene <- entrez_search(db="nuccore", term='183844[GPRJ]', retmax=1)
> entrez_summary(db="nuccore", id=eg_gene$ids, version="1.0")
esummary result with 13 items:
 [1] Caption          Title            Extra            Gi              
 [5] CreateDate       UpdateDate       Flags            TaxId           
 [9] Length           Status           ReplacedBy       Comment         
[13] AccessionVersion
> entrez_summary(db="nuccore", id=eg_gene$ids)
esummary result with 31 items:
 [1] uid          caption      title        extra        gi          
 [6] createdate   updatedate   flags        taxid        slen        
[11] biomol       moltype      topology     sourcedb     segsetsize  
[16] projectid    genome       subtype      subname      assemblygi  
[21] assemblyacc  tech         completeness geneticcode  strand      
[26] organism     strain       biosample    statistics   properties  
[31] oslt

编辑 - 使用Biopython获取2.0版记录

handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="183844[GPRJ]", retmax=1)
record = Entrez.read(handle) 
handle_two = Entrez.esummary(db="nuccore", id=record["IdList"][0], version="2.0")
Entrez.read(handle_two, validate=False)


{'DocumentSummarySet': ListElement([ListElement(['NPMJ00000000', 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Johannesburg strain CFSAN059880, whole genome shotgun sequencing project', 'gi|1235597280|gb|NPMJ00000000.1|NPMJ01000000', '1235597280', '2017/08/22', '2017/08/22', '0', '913076', '48', 'genomic', 'dna', 'linear', 'insd', '0', '186035', '', 'strain|serovar|host|sub_species|country|isolation_source|collection_date|collected_by', 'CFSAN059880|Johannesburg|Bos taurus|enterica|Nigeria|cattle stool|2012|University of Ibadan', '0', '', 'wgs', '', '11', '', 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Johannesburg', 'CFSAN059880', [StringElement('', attributes={'count': '1', 'type': 'all'}), StringElement('', attributes={'count': '3500', 'type': 'blob_size'}), StringElement('', attributes={'count': '1', 'type': 'org'}), StringElement('', attributes={'count': '2', 'type': 'pub'}), StringElement('', attributes={'count': '1', 'subtype': 'unpublished', 'type': 'pub'}), StringElement('', attributes={'count': '1', 'source': 'all', 'type': 'all'}), StringElement('', attributes={'count': '3500', 'source': 'all', 'type': 'blob_size'}), StringElement('', attributes={'count': '1', 'source': 'all', 'type': 'org'}), StringElement('', attributes={'count': '2', 'source': 'all', 'type': 'pub'})], StringElement('1', attributes={'master': '1', 'na': '1'}), StringElement('NPMJ00000000.1', attributes={'indexed': 'yes'}), 'NPMJ00000000.1'], attributes={'uid': '1235597280'})], attributes={'status': 'OK'})}

答案 1 :(得分：1)

解释Biopython示例：

from Bio import Entrez
handle = Entrez.esearch(db='nuccore', term='183844[GPRJ]', retmax=75000)
record = Entrez.read(handle)
id_list = record["IdList"]
search_results = Entrez.read(Entrez.epost("nuccore", id=",".join(id_list), restart=1, retmax=10000))
webenv = search_results["WebEnv"]
query_key = search_results["QueryKey"]
handle1 = Entrez.esummary(db="nuccore", query_key=query_key, WebEnv=webenv)
record1 = Entrez.read(handle1)

现在这应该确认他们是1000个条目（匹配retmax），每个条目有15个字段：

print(len(record1))
for entry in record1:
    assert len(entry) == 15
print(record1[0])

那应该给：

1000
{'Item': [], 'Id': '1102582672', 'Caption': 'MEKF00000000', 'Title': 'Salmonella enterica subsp. enterica serovar Sandiego strain CFSAN039537, whole genome shotgun sequencing project', 'Extra': 'gi|1102582672|gb|MEKF00000000.1|MEKF01000000[1102582672]', 'Gi': 1102582672, 'CreateDate': '2016/11/14', 'UpdateDate': '2017/07/11', 'Flags': 0, 'TaxId': 0, 'Length': 93, 'Status': 'live', 'ReplacedBy': '', 'Comment': '  ', 'AccessionVersion': 'MEKF00000000.1'}

顺便说一句，我不确定'Item'空列表的来源是什么。

让我们使用retmax = 1

检查第一条记录的实际原始XML 
from Bio import Entrez
handle = Entrez.esearch(db='nuccore', term='183844[GPRJ]', retmax=1)
record = Entrez.read(handle)
id_list = record["IdList"]
search_results = Entrez.read(Entrez.epost("nuccore", id=",".join(id_list), restart=1, retmax=10000))
webenv = search_results["WebEnv"]
query_key = search_results["QueryKey"]
handle1 = Entrez.esummary(db="nuccore", query_key=query_key, WebEnv=webenv)
print(handle1.read())

这给出了：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<!DOCTYPE eSummaryResult PUBLIC "-//NLM//DTD esummary v1 20041029//EN" "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/eutils/dtd/20041029/esummary-v1.dtd">
<eSummaryResult>
<DocSum>
    <Id>1102582672</Id>
    <Item Name="Caption" Type="String">MEKF00000000</Item>
    <Item Name="Title" Type="String">Salmonella enterica subsp. enterica serovar Sandiego strain CFSAN039537, whole genome shotgun sequencing project</Item>
    <Item Name="Extra" Type="String">gi|1102582672|gb|MEKF00000000.1|MEKF01000000[1102582672]</Item>
    <Item Name="Gi" Type="Integer">1102582672</Item>
    <Item Name="CreateDate" Type="String">2016/11/14</Item>
    <Item Name="UpdateDate" Type="String">2017/07/11</Item>
    <Item Name="Flags" Type="Integer">0</Item>
    <Item Name="TaxId" Type="Integer">0</Item>
    <Item Name="Length" Type="Integer">93</Item>
    <Item Name="Status" Type="String">live</Item>
    <Item Name="ReplacedBy" Type="String"></Item>
    <Item Name="Comment" Type="String"><![CDATA[  ]]></Item>
    <Item Name="AccessionVersion" Type="String">MEKF00000000.1</Item>
</DocSum>

</eSummaryResult>

即。完全相同的字段Biopython的Entrez解析器给你作为键（加上Id和Item空列表，这让我困惑于上面。

你确定你喜欢这样比较吗？

你能给出R解决方案有额外数据的特定示例登录吗？

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