是否可以并行使用pbapply？

Question

我有这个代码，我想要对矩阵的列求和。

我也希望有一些功能（我的矩阵比下面的例子大得多）：

• 使用多核
• 有进度条

我在pbapply包中尝试了pbapply但没有运气。我的代码是：

library(pbapply)
library(parallel)

mat <- matrix(ncol=20, nrow = 50, data = runif(1000))

# sum of the columns
matsum <- apply(mat,2,sum)

# now the same in parallel
cl <- makeCluster(2)
pboptions(type = "txt")
parmat <- pbapply(mat,2,sum, cl=cl)
stopCluster(cl)

这会导致错误：

  

FUN中的错误（newX [，i]，...）：无效＆＃39;键入＆＃39;参数（列表）

我的问题是，是否有可能并行运行pbapply？

Answer 1

pbapply不接受cl参数，所以没有。但是，您可以将矩阵转换为data.frame（如果可行），并使用sapply，它应该适用于列。

mat <- as.data.frame(mat)
parmat <- pbsapply(X = mat, FUN = sum, cl = cl)

或者，您可以尝试

colSums(mat)

这是非常拉扯的主力。

Answer 2

从v 1.3-3开始，

pbapply::pbapply接受cl参数（参见NEWS）