在命令行中运行Rmarkdown时是否可以提供参数？

Question

我正在尝试根据模板创建不同的报告集。

1. 是否可以从命令行运行此报告，而不是通过RStudio（编织PDF）运行？

2. 我有一个名为app的向量，我为每个应用运行此报告并输出值。从命令行运行此报告时，是否可以通过命令行选项提供应用程序？我不想在Rmarkdown中使用应用程序，而是需要知道我是否可以将其作为参数提供？

3. 每次运行时，pdf文件名都是一样的。如何更改此设置以使pdf文件名与应用程序值相同？

   title: "Application Report"
   
   date: "July 13th, 2017"
   header-includes:
      - \usepackage{longtable}
      - \usepackage[table]{xcolor}
      - \usepackage{colortbl}
      - \usepackage[utf8]{inputenc}
   output:
     pdf_document:
       fig_caption: yes
       fig_height: 6
       fig_width: 7
       highlight: zenburn
       number_sections: yes
       toc: yes
       toc_depth: 3
   keep_tex: yes
   tables: yes
   fontsize: 15
   ---
   
   ```{r message=FALSE, results = 'asis', echo=FALSE, warning=FALSE, fig.width=12, fig.height=10}
   
   app<-c("Web","DB)
   
   
   for (i in app){
   
       cat(paste("# ",app, " - Application","\n"))
   }
   

Answer 1

简短回答：

1. 是
2. 是
3. 是

示例：我将使用两个文件和一个命令行示例。使用makefile或扩展knit-application-report.R脚本将简化您的工作流程。

第一个文件：application-report.Rmd我已经从您的示例文件中简化了此帖子。重要的是要定义变量app。此变量将在报告标题中使用，并可在报告的其他位置使用。

---
title: "`r app` Report"
date: "`r date()`"
output: pdf_document
---

This is the report for the `r app` application.

```{r}
# do stuff
```

文件2：knit-application-report.R对commandArgs的调用，trailingOnly = TRUE将命令行参数传递到R脚本中。应用程序的名称作为第一个也是唯一的参数传入。该值存储在app变量中，然后将在rmarkdown::render的调用中使用，并在评估.Rmd文件时使用。

# file: knit-application-report.R
#
# Commandline Arguments:
# 1. appliction a character string for the app

app <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

rmarkdown::render(input = "application-report.Rmd",
                  output_file = paste0(app, ".pdf")) 

命令行看起来像这样（来自我的linux命令行）。

me@mycomputer:~$ Rscript knit-application-report.R MyApplication


processing file: application-report.Rmd
  |................................                                 |  50%
   inline R code fragments

  |.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-1

output file: application-report.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS application-report.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output MyApplication.pdf --template /home/pdewitt/R-dev/R-3.4.1/library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable 'geometry:margin=1in'

Output created: MyApplication.pdf

请注意，输出是命名报告MyApplication.pdf，如下所示：