Question

我正在构建一个R包，其描述包含：

LinkingTo: Rcpp

该包具有相当深的makefile结构。我知道使用R CMD build .创建和修改CXX11FLAGS等变量，这些变量必须通过后续的makefile层向下传递。

我怀疑LinkingTo也产生了这样一个变量，我必须注意并传递它。我怀疑这是因为，几层下来，我点击错误：

mycode.hpp:5:10: fatal error: Rcpp.h: No such file or directory
#include <Rcpp.h>

我不确定如何通知此文件的makefile以了解Rcpp的位置。我怀疑可以使用假设变量，但我不知道该变量的名称。任何人都可以澄清吗？

Answer 1

以下是来自我的一个较小的正在进行的包中的LinkingTo:：

LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo

编译时，这两个包都通过-I...开关使用：

edd@bud:~/git/rcppkalman(master)$ ./cleanup 
edd@bud:~/git/rcppkalman(master)$ R CMD INSTALL .
* installing to library ‘/usr/local/lib/R/site-library’
* installing *source* package ‘RcppKalman’ ...
** libs
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c expmMat.cpp -o expmMat.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c kfpredict.cpp -o kfpredict.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c kfupdate.cpp -o kfupdate.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c ltidisc.cpp -o ltidisc.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c rtssmooth.cpp -o rtssmooth.o
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/usr/local/lib/R/site-library/RcppArmadillo/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -Werror -march=native -c tfsmooth.cpp -o tfsmooth.o
g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o RcppKalman.so RcppExports.o expmMat.o kfpredict.o kfupdate.o ltidisc.o rtssmooth.o tfsmooth.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/RcppKalman/libs
** R
** demo
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (RcppKalman)
edd@bud:~/git/rcppkalman(master)$

没有其他需要。编写R扩展名称：

希望在其他包中使用头文件的包需要在字段中将它们声明为以逗号分隔的列表 'DESCRIPTION'文件中的'LinkingTo'。例如
 LinkingTo: link1, link2
'LinkingTo'字段可以具有检查的版本要求   在安装。

如果这些是C ++，在'LinkingTo'中指定包就足够了   包含源代码或静态链接的标题在   安装：包不需要（通常不应该   be）在'Depends'或'Imports'字段中列出。这包括CRAN   包 BH （https://CRAN.R-project.org/package=BH）几乎全部   用户    RcppArmadillo （https://CRAN.R-project.org/package=RcppArmadillo）和    RcppEigen （https://CRAN.R-project.org/package=RcppEigen）。

对于'LinkingTo'的另一种用法，请参阅* note链接到本机例程   在其他包::。

，从（基本上是空的）src/Makevars：

可以看出这一点

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

这是RcppArmadillo用于支持LAPACK和BLAS的外部链接的标准用法。请注意，我的软件包稍稍落后，因为RcppArmadillo在其最新版本中现在使用inst/skeleton/Makevars次传递到通过RcppArmadillo.package.skeleton()创建的每个软件包中：

## optional
#CXX_STD = CXX11

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) 
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

还支持OpenMP（如果可用）。这是目前推荐的表格。

Answer 2

我编辑了Makefile以包含以下黑暗魔法：

VARS_OLD := $(.VARIABLES)
$(foreach v,                                        \
$(filter-out $(VARS_OLD) VARS_OLD,$(.VARIABLES)),   \
$(info $(v) = $($(v))))

当您运行R CMD build .时，这将打印出由R传递给make过程的所有环境变量。

挖掘这一点揭示了一些非常有趣的变量：

ALL_CPPFLAGS = -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/myuser/.R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" 
CLINK_CPPFLAGS = -I"/home/myuser/.R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include"
R_INCLUDE_DIR = /usr/share/R/include

请注意，这些变量包含-I标志，因此必须传达给依赖于这些变量的构建过程的任何部分。

通过在makefile之间传递这些，我能够实现编译。

“LinkingTo”在R包中做了什么？

2 个答案: