Question

我正在使用rhdf5库。我想一次阅读许多文件。我在文件夹输入中有我的.h5文件，然后我就是：

filenames <- list.files("input", pattern="*.h5", full.names=TRUE)
read_h5<- function(file) {h5read(file, "/datasets/data1/data0")}
for (i in 1:length(filenames)) {
   read_h5(filenames[i])
}

它没有显示任何错误。只是我执行它，没有任何反应。我也试过lapply(filenames,h5read(filenames,name="/datasets/data1/data0"),.GlobalEnv)

但在这里我收到一个错误：＆＃34;条件有长度＆gt; 1，只使用第一个元素＆＃34;。

为什么它无效？

Answer 1

如果有人遇到类似问题，我会与您分享我如何处理此问题。不幸的是，我不得不改变一点尝试。

我在R中的脚本看起来像这样（test.R）：

library(rhdf5)
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
filename <- args[1]
output<-args[2]
my_data<-h5read(filename, "/datasets/data1/data0")
write.table(my_data, file=output, row.names=FALSE, col.names=FALSE)

后来，我写了一个bash脚本：

#!/bin/bash

for file in input/*.h5; do 
    [ -f "$file" ] || continue
    beg="${file%%.*}";
    Rscript test.R "$file" "$beg".txt
done

这对我有用！

一次读取多个.h5文件

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