Question

我有575个平均大小为3G的bz2文件，需要将它们转换为.gz格式，以使它们与下游管道兼容。

access modifier Class A {

access modifier return type method(){};
}

access modifier Class B{

A ob = new A();
ob.method();
}

对于单个文件，我可能会$ ll -h | head total 1.4T drwxrws---+ 1 dz33 dcistat 24K Aug 23 09:21 ./ drwxrws---+ 1 dz33 dcistat 446 Aug 22 11:57 ../ -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091550_1.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091550_2.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091551_1.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091551_2.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.9G Aug 22 11:38 DRR091552_1.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.9G Aug 22 11:38 DRR091552_2.fastq.bz2 -rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.8G Aug 22 11:38 DRR091553_1.fastq.bz2 $ ll | wc -l 575，但我想知道如何使用bash / linux中的一个命令或循环完全转换它们。

Answer 1

在终端中，将目录更改为包含.bz文件的目录，然后使用以下命令：

for f in *.bz; do bzcat "$f" | gzip -c >"${f%.*}.gz"; done

这将处理每个文件，一次一个，并为.gz文件提供.bz文件的名称。

示例：DRR091550_1.fastq.bz2将变为DRR091550_1.fastq.gz。

Answer 2

与 GNU Parallel ：

并行执行简单快速的操作

parallel --dry-run 'bzcat {} | gzip -c > {.}.gz' ::: *bz2

示例输出

bzcat a.bz2 | gzip -c > a.gz
bzcat b.bz2 | gzip -c > b.gz
bzcat c.bz2 | gzip -c > c.gz

如果您喜欢它的外观，请删除--dry-run。也许使用--bar或--progress添加进度表。

将多个文件从bz2转换为gz格式

2 个答案: