Question

我目前正在GROMACS 4.6.5中进行并行级联仿真，我正在使用bash脚本输入命令：

#!/bin/bash
pdb2gmx -f step_04_01.pdb -o step_04_01.gro -water none -ff amber99sb -ignh
grompp -f minim.mdp -c step_04_01.gro -p topol.top -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em
grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
mdrun -v -deffnm nvt
grompp -f md.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o step_04_01.tpr
mdrun -v -deffnm step_04_01
trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc
g_rms -s itasser_2znh.tpr -f step_04_01_pbc.xtc -o step_04_01_rmsd.xvg

trjconv和g_rms等命令需要用户交互才能选择选项。例如，在运行trjconv时，您将获得：

Select group for output
Group     0 (         System) has  6241 elements
Group     1 (        Protein) has  6241 elements
Group     2 (      Protein-H) has  3126 elements
Group     3 (        C-alpha) has   394 elements
Group     4 (       Backbone) has  1182 elements
Group     5 (      MainChain) has  1577 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has  1949 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  1956 elements
Group     8 (      SideChain) has  4285 elements
Group     9 (    SideChain-H) has  1549 elements
Select a group:

用户应该输入例如。 0进入终端以选择Group 0。我尝试过使用expect和send，例如：

trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc
expect "Select group: "
send "0"

然而，这不起作用。我也尝试在http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Using_Commands_in_Scripts#Within_Script中使用-flag，但它表示它不是公认的输入。

我的expect \ send格式正确吗？在GROMACS中还有另一种解决方法吗？

Answer 1

我不了解gromacs，但我认为他们只是要求你使用bash语法：

yourcomand ... <<EOF
1st answer to a question
2nd answer to a question
EOF

所以你可能有

trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc <<EOF
0
EOF

Answer 2

你可以使用

echo 0 | trjconv -s step_04_01.tpr -f step_04_01.xtc -pbc mol -o step_04_01_pbc.xtc

如果你需要有多个输入，只需使用

echo 4 4 | g_rms -s itasser_2znh.tpr -f step_04_01_pbc.xtc -o step_04_01_rmsd.xvg

在Bash中模拟Gromacs中的用户交互

2 个答案: