修改
事实证明，这仍然是这个问题的愚蠢......几年后。
原始问题
这与此question有关，但这已经有几年了，并且不容易找到。
基本上当ggplotly翻译ggplot2图时，它会结合两个图例并创建一个不可用的组合图例。
可重复的例子：
library(ggplot2)
library(plotly)
data(mtcars)
#two separate legends, as expected
p <- ggplot(mtcars, aes(x = mpg, y = hp,
colour = factor(am), shape = factor(carb))) +
geom_point()
#one combined, not-usable legend.
ggplotly(p)