pheatmap列集注释

时间:2017-09-07 22:09:08

标签: r cluster-analysis heatmap pheatmap

我有使用“pheatmap”包生成热图的以下代码。我成功创建了热图,但很难对列进行注释。我有9种细胞类型,每种细胞类型有3次重复。

这是数据。我已将样本标记为01_01,01_02,01_03至09_01,09_02,09_03。

我希望列注释为“A”,“B”,“C”,“D”,“E”,“F”,“G”,“H”,“I”。 pheatmap with clustering row and column

我尽力注释群集列,但没有成功。如果有人能解释如何自定义列注释,我真的很感激。

数据: my data file

library(readxl)
library(pheatmap)
library(tibble)
library(dplyr)

读取文件

test<-read_excel("~test.xlsx",1)

test%>% 
   column_to_rownames("Metabolite") %>%
   as.data.frame()

test<-as.data.frame(test)
rownames(test)<-test$Metabolite
test$Metabolite<-NULL


    pheatmap(test,cluster_rows=TRUE,cluster_cols=TRUE,breaks=NA,scale="none",legend=TRUE,color=colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(50),margins=c(5,10),fontsize_row=4,fontsize_col=4,cellwidth=5,cellheight=5)

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