两个序列中相同对象的计数

Question

我正在努力学习Python 3，现在我正在努力学习这一项。

我必须编写一个带有两个参数的函数：

1）作为DNA序列的字符串。

2）与参数1（也是DNA序列）长度相同的字符串

该函数必须返回一个float（两个DNA序列中碱基的比例相同）。

所以，我知道我必须写一个会返回这样的函数：

seq_similarity("ATGC","AGTT")

应该返回

0.75

我只走到这一步，现在我甚至在开始之前就被卡住了：

def sequence_similarity(seq1,seq2):
    seq1="AGTC"
    seq2="AGTT"

你能帮助我开始吗？

Answer 1

您可以使用sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2)) 并为其指定条件：

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/len(seq1)

这表示你的两个字符串为3。

然后除以长度：

sum(x==y for (x,y) in zip(seq1, seq2))/float(len(seq1))

如果使用2.x：

，请注意整数

import _ from 'lodash';

Answer 2

有一个内置的

  from difflib import SequenceMatcher

def similar(a, b):
    return SequenceMatcher(None, a, b).ratio()