Question

我尝试合并每列的替代行

输入：

ind1 T G T
     T T T 
ind2 G G T 
     G T T

所需的输出：

ind1 TT GT TT
ind2 GG GT TT

我尝试了这些命令：

sed 'N;s/\n/ /' <input> output

和

paste - - <input> output

但它只合并备用线但添加整行，而不考虑列; e.g：

ind1 T G T T T T

ind2 G G T G T T

使用bash或python的想法吗？

Answer 1

awk救援！

$ awk 'NR%2 {n=split($0,a); next} 
            {for(i=1;i<n;i++) $i=a[i+1] $i; 
             print a[1],$0}' file

ind1 TT GT TT
ind2 GG GT TT

解释将奇数行拆分为列。合并下一行并打印。偶数行有一个字段，相应地移位和打印。

Answer 2

非awk解决方案，因为你在bash或python中要求答案：

cut -f 1-4 -d ' ' in   | # the delimiter is a tab here
  sed 's/^/>/'         | # replace the start of the line with a >
    while read a b c d   # read the fields
    do if [[ "$a" = '>' ]]                     # if > then a second line
       then printf "$A\t$B$b\t$C$c\t$D$d\t\n"  # so stack them
       else A=${a#'>'}; B=$b; C=$c; D=$d;      # else set for stack later
       fi
    done

如果你想快速获取大量数据，我会使用perl。或者是python。

或C.我讨厌awk。没有敲它的能力 - 我只是不喜欢它。

Answer 3

GNU awk 解决方案（针对您当前的输入）：

awk -F'\t' -v FPAT='[^[:space:]]+' 'NF>3{ h=$1; for(i=1;i<=3;i++) a[i]=$(i+1) }
              NF==3{ print h,a[1]$1,a[2]$2,a[3]$3 }' OFS='\t' file

输出：

ind1    TT  GT  TT
ind2    GG  GT  TT

如何将备用行合并到每个后续列？

3 个答案: