Question

我有一个名为all_genes的数据框，总共有157列，第一列是包含基因名称的genes列。感兴趣的列从第50到第157，包含两步（50，52，54，56等等，这些是样本的名称。这些列有三种类型的值：1，2或3，知道对于同一行（相同的基因），我们可以为不同的样本提供三种类型的值。

例如，基因X的行在第50列中的值为1，但在第52列中的值为2。

我希望根据这些值从偶数列中提取所有行。为了更好地了解，数据框的外观如下：

Original dataframe

现在，我编写了这段代码来提取例如值1的行：

# extracting rows of value "1" from column 50 to 157, by taking into account only the even columns
df <- all_genes[which(all_genes[, seq(50, 157, 2)] == 1), ] 

# removing NAs if all the rows are NAs from columns 50 to 157
df <- df[rowSums(is.na(df[, 50:157])) != ncol(df[, 50:157]), ]

但是，我得到的是以下内容：

Output of the above code

如您所见，第一列包含的值均等于1，但如果您查看其他列，则会看到2（和3）的值。我认为我的代码只关注第50列并且忽略了为第50列获得不同于1的值的可能性，因为对于相同的基因，我们可以在第50列中具有值2但是{{1对于第52列。为了确认这一点，我检查了可能性（请复制粘贴以下链接，因为我没有足够的声誉）：

i.stack.imgur.com/rZQ2E.png

如果我的代码工作正常或者我应该改变什么，请你告诉我吗？

如果我将代码中的1更改为1，则会发生同样的情况。我仍会在第50列中获得2的值，但在其他列中仍会获得所有类型的值。

提前致谢。

修改根据@tobiasegli_te的要求，这是一个可重复的小数据框：

Answer 1

对于第一种情况尝试类似

的内容

mtcars[sapply(1:nrow(mtcars), function(i) any(mtcars[i, seq(2, ncol(mtcars), 2)] == 4)),]

                # mpg cyl  disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
# Mazda RX4      21.0   6 160.0 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
# Mazda RX4 Wag  21.0   6 160.0 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
# Datsun 710     22.8   4 108.0  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
# Merc 240D      24.4   4 146.7  62 3.69 3.190 20.00  1  0    4    2
# Merc 230       22.8   4 140.8  95 3.92 3.150 22.90  1  0    4    2
# Merc 280       19.2   6 167.6 123 3.92 3.440 18.30  1  0    4    4
# Merc 280C      17.8   6 167.6 123 3.92 3.440 18.90  1  0    4    4
# Fiat 128       32.4   4  78.7  66 4.08 2.200 19.47  1  1    4    1
# Honda Civic    30.4   4  75.7  52 4.93 1.615 18.52  1  1    4    2
# Toyota Corolla 33.9   4  71.1  65 4.22 1.835 19.90  1  1    4    1
# Toyota Corona  21.5   4 120.1  97 3.70 2.465 20.01  1  0    3    1
# Fiat X1-9      27.3   4  79.0  66 4.08 1.935 18.90  1  1    4    1
# Porsche 914-2  26.0   4 120.3  91 4.43 2.140 16.70  0  1    5    2
# Lotus Europa   30.4   4  95.1 113 3.77 1.513 16.90  1  1    5    2
# Volvo 142E     21.4   4 121.0 109 4.11 2.780 18.60  1  1    4    2

为您的数据

all_genes[sapply(1:nrow(all_genes), function(i) any(all_genes[i, seq(50, 157, 2)] == 1)),]

对于第二种情况尝试类似

的内容

mtcars[sapply(1:nrow(mtcars), function(i) all(is.na(mtcars[i, seq(2, ncol(mtcars), 2)]))),]

为您的数据

all_genes[sapply(1:nrow(all_genes), function(i) all(is.na(all_genes[i, seq(50, 157, 1)]))),]

从R

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