Question

我正在使用python进行分配。我必须找到一个函数或程序将该列表转换为相应的DNA序列。

bases_list = ['Adenosine', 'Guanine', 'Thymine', 'Cytosine', 'Thymine', 'Adenosine', 'Guanine', 'Cytosine', 'Thymine', 'Adenosine', 'Guanine']

print(dna)

AGTCTAGCTAG  #the output

我想也许我可以制作一个定义函数来将这些基数转换成相应的字母。我怎样才能做到这一点？有任何想法吗？

PS：我最近开始学习python，所以我希望你们可以帮助我:)。

Answer 1

是的几个！正如你很久以前开始的那样，让我们做一些简单的事情：

bases_list = ['Adenosine', 'Guanine', 'Thymine', 'Cytosine', 'Thymine', 'Adenosine', 'Guanine', 'Cytosine', 'Thymine', 'Adenosine', 'Guanine']

dna = "" # You begin with the dna empty

for sequence in bases_list: # you go throw every chain
  dna += sequence[0] # you add the first letter with the op [0] of lists

print(dna) # finally print

您可以在此处阅读有关循环的基础https://wiki.python.org/moin/ForLoop

Answer 2

最简洁：

print("".join([x[0] for x in bases_list]))

dna = "".join(x[0] for x in bases_list])
print(dna)

否则：

dna = ""
for base in bases_list:
    dna += base[0] . # get 1st letter from base
print(dna)

Answer 3

让我们使用字符串索引和join：

dna = ''.join(i[0] for i in bases_list)
print(dna)

输出：

AGTCTAGCTAG

Answer 4

map怎么样？

In [276]: ''.join(map(lambda x: x[0], bases_list))
Out[276]: 'AGTCTAGCTAG'

str.join用于获取字符串的列表（或任何可迭代的）并将它们连接在一起。 map将相同的函数应用于iterable中的每个元素。

快速记录。我在终端上运行此代码，但如果您在脚本中运行此代码，请不要忘记将结果分配回另一个变量。

seq = ''.join(map(lambda x: x[0], bases_list))
print(seq)

Answer 5

为了完整性，我想我会添加itemgetter https://docs.python.org/3/library/operator.html#operator.itemgetter解决方案。

在这种情况下，它获取(0)中每个元素的索引bases_list中的字符。据说它比lambda operator.itemgetter or lambda

略快且清洁

from operator import itemgetter

bases_list = ['Adenosine', 'Guanine', 'Thymine', 'Cytosine', 'Thymine',
              'Adenosine', 'Guanine', 'Cytosine', 'Thymine', 'Adenosine', 'Guanine']
dna = "".join((map(itemgetter(0),bases_list)))

print (dna)

结果：

AGTCTAGCTAG

Answer 6

如果你想要一个将基本名称转换成相应字母的函数，那么你很幸运，因为它只是基本名字的第一个字母。

通过＆＃34;索引＆＃34;可以轻松完成字符串的第一个字母。例如：

base = "Adenosine"
letter = base[0]
# letter should now be "A"

在这样一个简单的例子中，人们可能不会费心定义一个特定的功能，但它有可能并且看起来如下：

def base2letter(base):
    """This function converts the name of a base into the corresponding letter."""
    return base[0]

现在，您可以将该功能应用于列表中的每个基本名称。在python中执行此操作的常用方法是使用＆＃34; list comprehension＆＃34;：

letters_list = [base2letter(base) for base in bases_list]

您现在拥有的是字母列表：["A", "G", "T", "C", "T", "A", "G", "C", "T", "A", "G"]

下一步是将它们连接成一个字符串。一种有效的方法是使用为字符串定义的join方法。它将字符串粘贴在给定的连续元素之间："_".join(["A", "B", "C"])将导致"A_B_C"。在这里你想把字母放在一起，没有任何东西，所以你必须使用空字符串：

dna = "".join(letters_list)

请注意，可以通过将新字母逐个连接到字符串的当前状态来逐步构建for循环中的字符串（请参阅https://stackoverflow.com/a/47036161/1878788）。如果python只是用来让你大致了解编程语言如何使用＆＃34;命令式＆＃34;这可能是你的期望。风格的工作。但是，它在python中效率不高，这就是许多答案没有使用这种技术的原因。

将核苷酸转化为相应的DNA序列

6 个答案: