简单的dask map_partitions示例

时间:2017-11-05 19:25:40

标签: python parallel-processing dask

我阅读了以下SO thead,现在我正在尝试理解它。这是我的例子:

import dask.dataframe as dd
import pandas as pd
from dask.multiprocessing import get
import random

df = pd.DataFrame({'col_1':random.sample(range(10000), 10000), 'col_2': random.sample(range(10000), 10000) })

def test_f(col_1, col_2):
    return col_1*col_2

ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=8)

ddf['result'] = ddf.map_partitions(test_f, columns=['col_1', 'col_2']).compute(get=get)

它会在下面生成以下错误。我究竟做错了什么?另外我不清楚如何在map_partitions中传递其他参数?

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\utils.py in raise_on_meta_error(funcname)
    136     try:
--> 137         yield
    138     except Exception as e:

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\core.py in _emulate(func, *args, **kwargs)
   3130     with raise_on_meta_error(funcname(func)):
-> 3131         return func(*_extract_meta(args, True), **_extract_meta(kwargs, True))
   3132 

TypeError: test_f() got an unexpected keyword argument 'columns'

During handling of the above exception, another exception occurred:

ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-9-913789c7326c> in <module>()
----> 1 ddf['result'] = ddf.map_partitions(test_f, columns=['col_1', 'col_2']).compute(get=get)

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\core.py in map_partitions(self, func, *args, **kwargs)
    469         >>> ddf.map_partitions(func).clear_divisions()  # doctest: +SKIP
    470         """
--> 471         return map_partitions(func, self, *args, **kwargs)
    472 
    473     @insert_meta_param_description(pad=12)

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\core.py in map_partitions(func, *args, **kwargs)
   3163 
   3164     if meta is no_default:
-> 3165         meta = _emulate(func, *args, **kwargs)
   3166 
   3167     if all(isinstance(arg, Scalar) for arg in args):

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\core.py in _emulate(func, *args, **kwargs)
   3129     """
   3130     with raise_on_meta_error(funcname(func)):
-> 3131         return func(*_extract_meta(args, True), **_extract_meta(kwargs, True))
   3132 
   3133 

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\contextlib.py in __exit__(self, type, value, traceback)
     75                 value = type()
     76             try:
---> 77                 self.gen.throw(type, value, traceback)
     78             except StopIteration as exc:
     79                 # Suppress StopIteration *unless* it's the same exception that

~\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\utils.py in raise_on_meta_error(funcname)
    148                ).format(" in `{0}`".format(funcname) if funcname else "",
    149                         repr(e), tb)
--> 150         raise ValueError(msg)
    151 
    152 

ValueError: Metadata inference failed in `test_f`.

Original error is below:
------------------------
TypeError("test_f() got an unexpected keyword argument 'columns'",)

Traceback:
---------
  File "C:\Users\some_user\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\utils.py", line 137, in raise_on_meta_error
    yield
  File "C:\Users\some_user\AppData\Local\conda\conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\dask\dataframe\core.py", line 3131, in _emulate
    return func(*_extract_meta(args, True), **_extract_meta(kwargs, True))

2 个答案:

答案 0 :(得分:11)

map_partitions docs中有一个示例可以完全实现目标:

    <div className="panel">
      <div className="panel-body">
       <div className="accordion">
        <div className="accordion-section">
         <div className="accordion-section-header-container">
          <span className="accodion-header">
            <label>HEADER</label>
            <span classname="arrow"/>
           </div>
          </div>
         <div className=accordion-section-body>
          <ul className="list">
           <li>
            .
            .
            .
            .
           </li>
          </ul>
         </div>
        </div>
       </div>
      </div>

当您致电ddf.map_partitions(lambda df: df.assign(z=df.x * df.y)) 时(就像您在map_partitions上致电.apply()一样),您尝试pandas.DataFrame(或map)的功能将会将数据帧作为第一个参数。

如果是apply,则第一个参数将是分区,如果是dask.dataframe.map_partitions,则为整个数据框。

这意味着您的函数必须接受数据框(分区)作为第一个参数,并且在您的情况下可能如下所示:

pandas.DataFrame.apply

请注意,在您调用def test_f(df, col_1, col_2): return df.assign(result=df[col_1] * df[col_2]) 之前,会发生在这种情况下分配新列(即计划发生)。

在您的示例中,您在调用.compute()之后指定了列,这种方法违背了使用dask的目的。即在您致电.compute()之后,如果有足够的空间,那么该操作的结果会被加载到内存中(如果不是,您只需获得.compute())。

因此,对于您工作的示例,您可以:

1)使用函数(列名作为参数):

MemoryError

2)使用def test_f(df, col_1, col_2): return df.assign(result=df[col_1] * df[col_2]) ddf_out = ddf.map_partitions(test_f, 'col_1', 'col_2') # Here is good place to do something with BIG ddf_out dataframe before calling .compute() result = ddf_out.compute(get=get) # Will load the whole dataframe into memory (在函数中硬编码列名称):

lambda

<强>更新

要逐行应用函数,以下是您链接的帖子的引用:

  

ddf_out = ddf.map_partitions(lambda df: df.assign(result=df.col_1 * df.col_2)) # Here is good place to do something with BIG ddf_out dataframe before calling .compute() result = ddf_out.compute(get=get) # Will load the whole dataframe into memory / map

     

您可以使用apply

在一个系列中逐行映射函数
map
     

您可以使用df.mycolumn.map(func)

在数据框中逐行映射函数
apply

即。对于您问题中的示例函数,它可能如下所示:

df.apply(func, axis=1)

由于您将逐行应用它,因此函数的第一个参数将是一个序列(即数据帧的每一行都是一个系列)。

要应用此功能,您可以这样称呼它:

def test_f(dds, col_1, col_2):
    return dds[col_1] * dds[col_2]

这将返回一个名为dds_out = ddf.apply( test_f, args=('col_1', 'col_2'), axis=1, meta=('result', int) ).compute(get=get) 的系列。

我猜你也可以用一个函数在每个分区上调用'result',但它看起来效率不高,直接在数据帧上调用.apply。但可能是你的测试证明不然。

答案 1 :(得分:5)

您的test_f有两个参数:col_1col_2。您传递了一个参数ddf

尝试类似

的内容
In [5]: dd.map_partitions(test_f, ddf['col_1'], ddf['col_2'])
Out[5]:
Dask Series Structure:
npartitions=8
0       int64
1250      ...
        ...
8750      ...
9999      ...
dtype: int64
Dask Name: test_f, 32 tasks