Question

所以我从一个叫做input.bed的床文件中得到了这个数据框：

     V1       V2       V3  V4
 1 chr1 11323785 11617177 TF1
 2 chr1 12645605 13926923 TF2
 3 chr1 14750216 15119039 TF3
 4 chr1 18102157 19080189 TF1
 5 chr1 29491029 30934636 TF2
 6 chr1 33716472 35395979 TF4
 7 chr1 36712462 37685238 TF5
 8 chr1 37838094 38031209 TF3

它是我从.bed文件中读取的数据框（.bed文件是制表符分隔的）。我想取每一行并将其输出到另一个文件。说row1我希望它在input1.bed中，在input2.bed

中的第2行

这是我的尝试：

 for(i in 1:nrow(input.bed))
  {
    file.create(paste("input",i,".bed",sep=""));

   }

 for(i in 1:nrow(input.bed))
 {
    write.table(unlist(input.bed[i,]),paste("input",i,".bed",sep=""),sep="\t");

}

由于某种原因，我的文件输出来自input1.bed，是：

    "V1"    "chr1"
    "V2"    "11323785"
    "V3"    "11617177"
    "V4"    "TF1"

但是我希望输出以制表符分隔：

    chr1 11323785 11617177 TF1

我做错了什么？

Answer 1

您可以按以下方式使用一个for循环（q是您的数据框）

for(i in 1:nrow(q)){
  write.table(x = q[i,], 
              file = paste('input',i,'.bed',sep=''), 
              row.names = F, 
              col.names = F, 
              quote = F, 
              sep = '\t')
}

基本上你的方法是正确的，你只需要通知函数你不想要所有的默认行为（即col / rownames，quotes）。

如何以制表符分隔的方式写入文件？

1 个答案: