Question

我在Ubuntu 16.04上运行（在联想ThinkPak T450上）。我安装了R版本3.4.1，按照说明here通过Rbloggers安装。

从这里开始，我想开始安装软件包，但是如果我从命令行运行R而没有root权限，我就无法访问CRAN镜像。也就是说，当我运行install.packages('dplyr')（或任何install.packages('blah')）时，我收到以下错误

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

出现该错误，不会出现CRAN镜像对话框，因此无法安装软件包。注意：当我以root权限启动R（即，通过> sudo R启动）时，不会发生此错误，但我不想以root身份安装软件包。

预先感谢您提供帮助，我们可以发送给您！

编辑：指定repo也会导致错误（在下面的文件路径中，我用user-name替换了我的用户名）。

例如：install.packages('Rcpp',repos='http://cran.us.r-project.org')终止于：

installing to /home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error: package or namespace load failed for ‘Rcpp’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/libs/Rcpp.so':
  /home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/libs/Rcpp.so: undefined symbol: _ZNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEED1Ev
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp’

例如，install.packages('dplyr',repos='http://cran.us.r-project.org')终止于：

installing to /home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/dplyr/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/bindrcpp/libs/bindrcpp.so':
  /home/user-name/anaconda3/lib/R/bin/exec/../../lib/../.././libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by /home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/bindrcpp/libs/bindrcpp.so)
ERROR: lazy loading failed for package ‘dplyr’
* removing ‘/home/user-name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/dplyr’

Answer 1

正如DirkEddelbuettel在评论中指出的那样，问题是Anaconda和R的混合。解决这个问题：

我首先查看> conda list并意识到软件包是r-base，从Anaconda卸载了R软件包;因此运行> conda remove r-base。
接下来，通过查看> which R的输出，很明显我们仍在尝试从../anaconda3/bin/..目录执行。我怀疑有一种快速的方法可以通过导出或bashrc修改（或类似的东西）来改变它，但对我来说，最快的解决方法是运行> sudo apt-get install r-base r-base-dev，它已经花费了0.2秒，因为它们已经是已安装，但它确实影响了系统查找到的相应目录，对我来说这是/usr/bin/R/。

从这里我已经能够安装我需要的一切。

注意：回想一下，我怀疑当我通过conda安装rpy2时发生了“混音”。

R：Ubuntu中的软件包安装问题

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