Python库参考/用法

Question

我试图使用BioPython软件包中的方法来计算给定肽列表的等电点。课程细分可以在这里看到：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis-class.html#isoelectric_point

为了将此课程导入我的环境，我使用以下代码（我这样做了吗？）：

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis

然后，为了调用该方法，我执行以下操作：

window_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql";
ProteinAnalysis.isoelectric_point(window_aas);

但是我收到了以下错误，而且我不确定如何解释它，尽管有几个搜索类似的错误：

  

文件   ＆＃34; C：\ Users \用户---- \应用程序数据\本地\程序\的Python \ Python36-32 \ lib中\站点包\生物\ SeqUtils \ ProtParam.py＆＃34 ;,   第68行，在count_amino_acids中       如果self.amino_acids_content为None： AttributeError：＆＃39; str＆＃39;对象没有属性＆＃39; amino_acids_content＆＃39;

有人能够在这里指导我正确的方向吗？这个类也被称为IsoElectricpoint，但我没有看到它使用的方法：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint-module.html

Answer 1

ProteinAnalysis是一个班级。您在代码中所做的是尝试直接调用该类中的方法。在Python中，这样一个函数的第一个参数是类对象，但是你传入一个字符串（window_aas）。使用此API的正确方法是首先创建一个类对象：

protein_analysis = ProteinAnalysis(window_aas)

然后你可以打电话

protein_analysis.isoelectric_point()

您可以在online docs。

中详细了解这一切是如何运作的

Answer 2

看起来isoelectric_point是一个实例方法，所以你需要先创建一个实例：

analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
analysis.isoelectric_point()