使用小数据集进行CCA分析

Question

我正在使用R和纯素包来分析不同地点的环境因素对细菌群落（OTU表）的重要性。但是我遇到了一些我不确定如何解决的问题，以及我的方法是否合适。得到一些反馈会很棒。

1）我有一张桌子，有15个站点，380种，每个站点有一个8个环境因子表。这对cca来说太小了吗？有关更好方法的任何建议吗？

2）我使用了cca（），这给了我非常相似的约束/无约束的特征值 - 我认为受约束的特征值需要较低才能成为一个合适的分析 - 可能是小数据集的问题？ / p>

3）我的一些环境因素是相关的，我检查了他们的VIF，我的值在1到61之间。显然<10是可以接受的 - 最好去除高价值因素？

希望这有意义，非常感谢，提前谢谢！

干杯 梅尔

Answer 1

1. 15次观察对于重要性测试并不多。
2. 如果特征值在约束和非约束分析中非常相似，则可能有太多约束。这可以追溯到小数据集和大量约束变量。
3. 不一定：高VIF意味着变量的 set 是自相关的，但它可能不是选择具有最高VIF的那个的最佳选择：在减少集合后，删除变量可能有低VIF，完全没问题。您应该构建一个小模型（不是很多变量），然后检查它是否也适用于VIF。