Question

我正在尝试使用PCoA进行特质分析。根据Laliberté＆amp; Legendre（2010）这是一个合适的工具，因为它可以处理不同尺度类型的缺失值和特征。

首先我创建了一个物种x特征矩阵。然后我计算了一个关于特征的不同权重的距离矩阵，因为一个特征被分成三个。由于距离矩阵包含负特征值，我使用'lingoes'校正来计算PCoA。现在我想绘制PCoA。

物种应显示为点大小相对于相对物种丰度的点（参见Laliberté＆amp; Legendre 2010）。
此外，我想将特征添加为矢量（参见Borcard，Gillet＆amp; Legendre 2011，第143页）。

到目前为止，我设法做到了两者中的任何一个。（PCoA具有不同的功能，导致相同的结果）。

library(FD)

# species-traits data frame
df <- data.frame(row.names= c( "Sp1",    "Sp2",  "Sp3",  "Sp4",    "Sp5",   "Sp6",  "Sp7",  "Sp8",  "Sp9",   "Sp10"),
                 "Height" = c(  10.5,       NA,   36.8, 1504.7,    120.4,    85.9,   26.1,     NA,   39.2,    142.8),
                 "Seed"   = c(   456,      852,    302,     10,      400,    1190,    758,     56,    487,       NA),
                 "Anemo"  = c(     1,        0,      1,      0,        1,       1,      1,      0,      0,        1),
                 "Zoo"    = c(     0,        0,      0,      1,        1,       0,      0,      1,      0,        1),
                 "Ballo"  = c(     0,        1,      0,      0,        0,       0,      1,      0,      1,        0),
                 "Indicat"= c(     5,        4,      5,      6,        2,       3,      5,      6,      4,        5))

# species abundance
abun <- c(0.005, 0.005, 0.05, 0.43, 0.05, 0.095, 0.005, 0.05, 0.01, 0.3)

# weights
w <- c(1, 1, 1/3, 1/3, 1/3, 1)

# distance matrix
dist <- gowdis(df, w) # FD package
is.euclid(dist) # distance matrix is not euclidean - negative Eigenvalues!

# PCoA
pcoa1 <- wcmdscale(d = dist, eig = TRUE, add = "lingoes") # vegan package
plot(pcoa1)
plot(pcoa1, type = "points", cex = log10(abun*1000))

pcoa2 <- pcoa(dist, correction = "lingoes") # ape package
biplot.pcoa(pcoa2, df, dir.axis1 = -1)

我的问题是：

当我使用plot()函数时，我无法添加特征向量，也无法更改任何简单的图形参数，例如pch或col。
当我使用biplot.pcoa特征时，conatain NAs不会显示为矢量，我也无法用点大小来说明相对丰度。
PCoA也适用于非数字特征。但是，在这种情况下，biplot.pcoa，

e.g：

# species-traits data frame
df <- data.frame(row.names= c( "Sp1",    "Sp2",  "Sp3",  "Sp4",    "Sp5",   "Sp6",  "Sp7",  "Sp8",  "Sp9",   "Sp10"),
                 "Height" = c(  10.5,       NA,   36.8, 1504.7,    120.4,    85.9,   26.1,     NA,   39.2,    142.8),
                 "Seed"   = c(   456,      852,    302,     10,      400,    1190,    758,     56,    487,       NA),
                 "Anemo"  = c(     1,        0,      1,      0,        1,       1,      1,      0,      0,        1),
                 "Zoo"    = c(     0,        0,      0,      1,        1,       0,      0,      1,      0,        1),
                 "Ballo"  = c(     0,        1,      0,      0,        0,       0,      1,      0,      1,        0),
                 "Indicat"= c(     5,        4,      5,      6,        2,       3,      5,      6,      4,        5),
                 "Polli"  = c("wind", "insect",     NA, "wind", "insect","insect", "wind", "wind", "wind", "insect"))

# weights
w <- c(1, 1, 1/3, 1/3, 1/3, 1, 1)

dist <- gowdis(df, w)

pcoa2 <- pcoa(dist, correction = "lingoes")
biplot.pcoa(pcoa2, dir.axis1 = -1)
biplot.pcoa(pcoa2, df, dir.axis1 = -1)
Error: is.numeric(x) || is.logical(x) is not TRUE

Borcard，Gillet＆amp; Legendre 2011 数值生态学与R

Laliberté＆amp; Legendre 2010 基于距离的框架，用于衡量多种特征的功能多样性

如何向PCoA添加矢量/箭头？

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